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本文利用长PCR扩增与引物步移法,测定了分类地位存在一定争议的三种地下鼠——棕色田鼠(Lasiopodomys mandarinus)、东北鼢鼠(Myospalax psilurus)和高原鼢鼠(Myospalax baileyi)的线粒体DNA (mtDNA)全序列,并利用生物信息学软件对这三种地下鼠mtDNA的基因组结构和系统进化进行了分析。棕色田鼠、高原鼢鼠和东北鼢鼠的mtDNA全长分别为16367bp、16351bp、16360bp,三种鼠的mtDNA基因组均由2个rRNA编码基因、22个tRNA编码基因、13个蛋白编码基因和非编码区组成,除8个tRNA基因及1个蛋白编码基因由轻链编码外,其余均由重链编码。三种地下鼠mtDNA的基因组成和排列顺序与大多数啮齿动物的mtDNA相同,碱基比例也与其它啮齿动物mtDNA碱基A+T>C+G这一特点相同,棕色田鼠的碱基比例与田鼠属(Microtus)、沟牙田鼠属(Proedromys)和绒鼠属(Eothenomys)动物的(?)ntDNA碱基比例接近,而两种鼢鼠与小鼹形鼠属(Nannospalax)动物的碱基比例更为接近。三种地下鼠的蛋白编码基因密码子的使用、不完全终止密码子的出现、tRNA中tRNASer的二级结构缺失一臂、控制区D-loop和轻链复制起始区rep-origin的结构等特点都与其它啮齿动物mtDNA中的同类结构特点相似。基于对三种地下鼠mtDNA的13个蛋白编码基因、2个rRNA基因以及Cytb基因的系统进化分析结果,本文认为,棕色田鼠应隶属于仓鼠科(Cricetidae)毛足田鼠属(Lasiopodomys),与田鼠属(Microtus)、沟牙田鼠属(Proedromys)和绒鼠属(Eothenomys)亲缘关系较近,结合形态学特征和数据,毛足田鼠属应作为一个单独的属存在；东北鼢鼠和高原鼢鼠同属鼢鼠属(Myospalax),与小鼹形鼠属(Nannospalax)亲缘关系较近,与鼠科、仓鼠科物种距离较远,结合形态学数据,支持鼢鼠属单独成属并与小鼹形鼠属一起隶属于鼹形鼠科(Spalacidae);对Genbank中现有的啮齿动物mtDNA蛋白编码基因系统进化分析,结果支持啮齿目的单系假说。与非地下鼠类相比,三种地下鼠在mtDNA基因组长度、结构、碱基组成等方面并未出现过大的差异,在系统进化分析中也没有表现出较大的波动。因此,本研究认为,地下鼠的mtDNA在长期进化过程中并未因环境的不同而出现较大的变异。