【摘 要】
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目的:本研究旨在探究非萎缩性胃炎至早期胃癌发展过程中,免疫微环境中细胞组成、基因表达的动态变化,阐释免疫微环境中各细胞组分在胃癌进展中的作用,揭示胃癌发生发展机制。同时,分析调节性T细胞在胃癌及胃正常组织中的差异,构建胃癌诊断模型,寻找有效的分子标志物并对诊断模型进行验证。方法:1.通过单细胞转录组测序技术检测非萎缩性胃炎(non-atrophic gastritis,NAG)、萎缩性胃炎(atr
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目的:本研究旨在探究非萎缩性胃炎至早期胃癌发展过程中,免疫微环境中细胞组成、基因表达的动态变化,阐释免疫微环境中各细胞组分在胃癌进展中的作用,揭示胃癌发生发展机制。同时,分析调节性T细胞在胃癌及胃正常组织中的差异,构建胃癌诊断模型,寻找有效的分子标志物并对诊断模型进行验证。方法:1.通过单细胞转录组测序技术检测非萎缩性胃炎(non-atrophic gastritis,NAG)、萎缩性胃炎(atrophic gastritis,AG)和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)共 6 例标本的基因表达情况,探究胃癌进展过程中的细胞组成。2.提取T细胞、B细胞、髓系细胞进一步降维聚类及细胞注释,探究胃癌进展过程其细胞亚群的组成及分布。3.通过基因表达分析、通路富集分析等方法,描述胃癌进展过程中T细胞、B细胞、髓系细胞等基因表达、细胞功能、转录因子、发育轨迹的变化。4.下载胃癌及胃正常组织单细胞测序数据,提取调节性T细胞(regulatory T cell,Treg)进行分析,表征胃正常组织和肿瘤组织来源的Treg特征。5.使用单细胞测序数据筛选胃癌进展中逐步变化的差异基因,下载胃癌及胃正常组织 RNA-seq 数据,使用 LASSO(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归构建胃癌诊断模型并进行验证。结果:1.T细胞、B细胞等免疫细胞在EGC中占比较高。成纤维细胞、主细胞等在胃癌进展中呈下降趋势,在胃癌进展过程中可能发生解痉多肽表达型化生。2.T细胞主要来源于EGC样本,初始T细胞、辅助性T细胞等伴随胃癌发生呈增加趋势。在T细胞组成中,AG是NAG与EGC之间的中间状态,肠上皮化生则是接近EGC的状态。B细胞的数量和亚群间的多样性较T细胞少,B细胞及髓系细胞亚群在不同组织类型中分布不同。3.细胞毒性T细胞和耗竭性T细胞的细胞毒性基因表达基本一致,但耗竭性T细胞抑制性基因表达更高。双阴性T细胞(double negative T cell,DN T)在疾病进展过程逐渐表达浆细胞、CD8+T细胞标记基因,可能存在功能或表型转化。B细胞发育相关转录因子表达异常,其可能存在发育紊乱。Mast cell c1亚群高表达TNFAIP3、AREG等基因,可以促进肿瘤发生发展,其主要在疾病进展中后期存在。4.Treg主要在肿瘤组织中存在,与细胞死亡、细胞周期等通路相关,在细胞间相互作用分析中,肿瘤组织中的Treg与其他细胞相互作用频率更低、强度更大,互作模式具有显著变化。5.构建包含CLDN7、MDK、MTDH、PRAP1共4个基因的胃癌诊断模型,其诊断效能较好,在训练集及验证集中AUC(area under curve,AUC)值分别为0.9973714、0.9957786。结论:1.在Correa级联过程中,不同疾病进展阶段及不同患者之间细胞组成异质性较大,部分细胞呈现出伴随疾病发展的变化趋势。2.在T细胞、B细胞、髓系细胞三种细胞中,T细胞数量最多、多样性复杂,三种细胞亚群在不同组织中分布具有差异。3.T细胞、B细胞、髓系细胞在疾病进展过程中伴随着一定的表型转化,并且抑制性表型在EGC中更加明显。4.Treg主要在胃癌肿瘤微环境中浸润,对肿瘤免疫起主要的调节作用。在胃正常及肿瘤组织中,Treg在细胞数量、基因表达、细胞功能、细胞互作等方面均存在显著差异。5.成功构建胃癌诊断模型,其可以较准确的区分胃癌及正常组织样本。
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