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柠檬金花茶（Camellia indochinensis Merr）隶属于山茶科（Theaceae）山茶属（Camellia）小灌木,分布于我国广西的龙州、宁明、崇左、扶绥的石灰岩地区。本研究采用叶绿体DNA（cpDNA）与微卫星（SSR）分子标记相结合的方法,对柠檬金花茶（C.indochinensis）10个野生种群共277个个体,进行遗传多样性和遗传结构分析,为保护柠檬金花茶遗传资源提供依据,主要研究结果如下:1)叶绿体DNA（cpDNA）片段序列比对总长度为5192bp,共有15个变异位点;10个种群100个体共检测到11种单倍型,柠檬金花茶在物种水平上具有较高水平的遗传多样性（cpDNA,Hd=0.876,π=0.00056）;在种群水平上具低水平的遗传多样性,DG（崇左大更）种群有3种单倍型且为特有单倍型,JB（弄岗保护区100号界碑）种群有2种单倍型为特有单倍型,其余每个种群各只有一种单倍型,为特有单倍型,其中LJ（宁明县陇坚）和LR（宁明县陇荣）种群共享H4,LQ（宁明县陇曲）和LW（龙州县陇旺）共享单倍型H9。SSR标记研究结果表明,柠檬金花茶也具有较高水平的遗传多样性。10对引物在10个柠檬金花茶自然种群共277个个体共检测到161个等位基因,平均每对引物共检测到16.1个等位基因;在物种水平上,10个种群的平均等位基因数（Na）为5.500-8.900,平均为7.120;有效等位基因（Ne）为3.126-4.809,平均为4.073;观测杂合度（Ho）为0.527-0.776,平均0.686;期望杂合度。（He）为0.634-0.754,平均值为0.693。2)基于叶绿体DNA（cpDNA）序列的AMOVA分析结果显示,柠檬金花茶种群间的变异占92.10%,种群内的遗传变异占7.9%。基于SSR分析结果显示,两两种群间的遗传分化系数FST在0.052-0.220之间,平均值为0.127,33组介于0.05-015之间,12组介于0.15-0.25之间,表明种群间具有中等水平的遗传分化;种群间的基因流Nm在0.885-4.540之间,平均值为1.94,说明种群间存在一定的基因流;AMOVA分析显示,种群内和种群间的遗传变异分别为88.85%和11.15%,表明遗传变异主要来自种群内。K与?K的关系图显示存在两个较佳的峰值,分别是K=2和K=9;根据STRUCTURE聚类分析结果显示,认为K=9的分组比较合理,10个种群划分为9组,HLZ（龙州咟龙枕）和JM（龙州进明村）种群为一组,其余种群各自单独为一组。Mantel检测表明地理距离与遗传距离之间无显著的相关性（R2=0.0537,p>0.05）。中性检验和失配分析均没有检测到柠檬金花茶种群近期发生扩张,BOTTLENECK揭示柠檬金花茶种群未经历瓶颈效应。3)利用Illumina测序的方法,通过测序、组装、基因注释,得到柠檬金花茶完整的叶绿体基因组。柠檬金花茶叶绿体基因组为封闭的环状四分体结构,总长度156571bp,大单拷贝区（LSC）、小单拷贝区（SSC）、反向重复序列为（IRs）长度分别为86246bp、18219bp、26053bp;共注释了121个基因,其中包括了85个蛋白质编码基因,28个tRNA基因和8个rRNA基因,总的GC含量为37.34%。4)本研究叶绿体DNA和微卫星分子标记均揭示了柠檬金花茶具有较高遗传多样性水平;STRUCTURE聚类分析结果显示,HLZ（龙州县咟龙枕）和JM（龙州县进明村）种群为一组,其余柠檬金花茶种群独立成组,建议对各个种群单独进行保护,保护区外DG（崇左大更）和JM（龙州县进明村）的两个种群受到严重的破坏,应该加强保护。