由于在市场经济条件下，流域上游地区经济发展与流域生态环境保护的矛盾十分突出，因此就需要在法律上明确流域生态的补偿机制，以理顺流域上下游间的生态关系和利益关系，对为流域生态保护做出积极贡献的主体进行补偿，激励上游地区保护流域生态环境，维护生态安全。流域生态补偿是解决流域生态问题的重要途径，各学科的专家从不同的角度，针对流域生态补偿的问题，纷纷提出了自己的独到见解，但对流域生态补偿的理论基础及具体设计却一直未被深入探讨。实行流域生态补偿，还原了流域生态的应有价值，构建出一种流域生态保护的合理机制，不仅是解决流域生态污染的重要途径，而且也有利于缩小区际差距，促进流域生态的管理和建设，加快上游地区经济发展并有效保护流域生态环境，同时也符合构建和谐社会的精神。本文拟从这个目的出发，首先明确流域生态补偿在各学科中的定义，在全面理解这一制度的内涵和外延的基础上，从我国目前流域生态的现状出发，论证流域生态补偿制度构建的必要性。以我国目前的流域生态为现实基点，分析国内外流域生态管理和补偿制度的经验，然后理性检讨目前我国的流域生态补偿机制的尚不完善之处。最后，从操作层面分析完善这一制度的原则、内容和方法。可以说流域生态补偿制度的构建是在秉承公平、公正的原则下对可持续发展战略的实践，也是对完善环境保护法律体系的进一步探索和实践。