据国家统计局电子商务交易平台调查显示,2017年全国电子商务交易额达到29.16万亿元,同比增长近12个百分点。随着“互联网+”时代电子商务的迅速发展,网购消费者的逐年增加推动了电子商务的迅速崛起。电商网购的便捷性与低成本吸引着越来越多的企业与消费者,电子商务成为经济发展的一个重要增长点,电商生态系统也已成为商业界和学术界共同关注的话题。然而,由于现有电商生态系统内在协同机制不完善,网络交易的虚拟性与数据缺失性,消费者与商家之间存在严重的信息不对称,导致电商生态系统种群内恶性竞争,种群间相互分离,商家的信用缺失和欺诈经营行为愈发严重,严重影响电子商务生态系统的良好运行发展。本文在对国内外的电商生态系统理论、协同机制理论、信用机制理论研究的基础上,从系统科学和生态学观点出发,对电子商务生态系统的内在协同机制构建进行研究,建立了种群内、种群间和核心种群间信用监管博弈分析,通过建立复制动态微分方程和MATLAB2016仿真模拟求解,分析了电商生态系统中种群内个体间的相互协同竞争规律、种群间互惠共生演化规律,以及核心电商平台、商家、消费者之间的信用监管三方演化博弈规律。研究结果表明电商种群内协同竞争个体的策略选择主要与对方个体的策略选择相对应,种群间的互惠共生演化博弈稳定策略主要由初始策略选择、共生收益和成本损失的相对大小决定,同时,电商平台的积极监管概率与选择“欺诈”经营的商家规模和选择“投诉”策略的消费者规模相关;建立商家诚信奖励和失信惩罚机制、信用保证金机制、消费者投诉反馈机制、严厉打击商家私下补贴,能够有效避免商家失信行为。本文最后结合实例案例——阿里巴巴平台型电子商务生态系统进行分析,研究阿里巴巴生态系统的内在协同机制,以便更好的将理论研究与案例相结合,得出对电商生态系统内在协同机制更好运行发展的策略建议,以促进我国电子商务生态系统平衡、稳定、协同进化发展。