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近年来赛马和马术表演等已成为世界新兴产业,但马胃肠疾病的发生严重影响了马匹性能,而蒙古马生活在恶劣的蒙古高原上,本身具有卓越的优良特性,很少发生肠道疾病,这可能与肠道微生物的作用密不可分。为了了解马肠道真菌生物多样性,本研究以蒙古马和纯血马肠道真菌微生物为研究对象,运用粪便总DNA提取技术、PCR-DGGE结合克隆测序技术,对相同饲养条件下的蒙古马和纯血马、不同饲养条件下的蒙古马肠道真菌微生物进行了生物多样性的研究和分析,结果为：1试验采用经典试剂盒对粪便中真菌总DNA进行提取,总DNA在质量和浓度上均很好；PCR过程中采用巢式与降式两种方法结合的方式,并在PCR体系中加入BSA,增强了目的DNA的特异性。2 DGGE指纹图谱显示,每条泳道均含有丰富的条带数,初步证明蒙古马和纯血马肠道内均含有丰富的真菌微生物。利用Quantity One软件初步分析得到了DGGE模型分析图并对条带进行主成分分析,证明蒙古马和纯血马肠道真菌存在一定差异,但大部分是相同种属。UPGMA聚类图分析证明,种内相似性大于品种间相似性,纯血马种内相似性大于蒙古马种内相似性；不同饲养条件下的蒙古马相似性低于相同饲养条件下的。通过对微生物指数进行t检验分析,证明蒙古马和纯血马以及不同饲养条件下的蒙古马肠道真菌微生物在多样性、丰富度和均匀度指数上均无显著差异。3蒙古马和纯血马测序结果证明：菌种几乎分别属于子囊菌门、担子菌门和新丽鞭毛菌门,以子囊菌门含量最多。蒙古马共检测到39个真菌,比对后相似度97%以上的占60%,未知真菌占40%；纯血马共检测到31个真菌,相似度97%以上的占54.8%,未知真菌占45.2%；青草放牧蒙古马共检测到31个真菌,相似度97%以上的占42%,未知真菌占58%;证明马肠道真菌微生物部分是未知真菌。4蒙古马和纯血马共有菌属：胃梨囊霉属、盲肠菌属、牛粪盘菌、细齿粪盘菌、库德里阿兹威毕赤酵母、黄灰青霉菌和一些外源性真菌；蒙古马特有菌属为肠霉属、群生球根瘤胃真菌、小红酵母和一些外源性真菌；纯血马特有真菌为粪盘菌属和瘤胃真菌。青草放牧条件下特有真菌主要集中在外源性真菌；干草舍饲新检测到了锁掷孢酵母属、扩展青霉菌、瘤胃真菌。