近年来，我国农民专业合作发展迅速，正式在相关部门登记成立的农民专业合作社数量已经达到百万，不过总的来说，我国的农民专业合作社发展还处在的起步阶段，在其发展进程中依旧存在诸多问题，如何引导和规范其健康有序地发展、增加经营效益、提高市场竞争力，是当前值得研究和探讨的一项重大课题。本研究应用集体行动理论和自主组织治理理论分析农民专业合作社发展面临的困境，并提出相应的对策建议，为我国农民专业合作社的健康规范发展提供理论指导，也为政府制定农民专业合作社扶持政策提供参考建议。　　文章从农民专业合作社的产生背景入手，简要追溯我国合作社的百年发展历史，研究其主要的基本特征和运营模式，进而分析我国新型农民专业合作社的发展现状和其组成模式；立足于我国农业发展和农村现状的基本情况，以晋江市农民专业合作社的发展况为例，对一正一反两个合作社实例进行研究，从合作社组成类型及管理机制和运营模式进行对比分析，得出农民专业合作社面临的发展困境：组织制度与运行机制不完善、农民参与热情低、监督管理失效等，并提出制约我国农民专业合作社发展的主要内部和外部因素；并根据我国农民专业合作社的发展现状，针对农民专业合作社发展中所遇到的问题，提出应该从合作社自身健全激励约束机制、完善经营管理制度、积累社会资本，相关社会组织及国家政府规范及扶持方面入手，实现推动农民专业合作社健康有序地发展。