行政单位是行使国家权力、办理国家事务并提供公共服务的单位。近年来,随着多起腐败案例曝光,政府越来越重视对权力的约束和公职人员的管理,内部控制作为能够约束权力运行、提高公职人员行政效率和群众满意度的有效手段,得到了迅速发展。2012年财政部发布了《行政事业单位内部控制规范》(试行)对于我国行政单位内部控制建设具有重大意义,标志着我国行政单位内部控制建设具有可依据的文件,为我国内部控制发展指明方向。2018年3月,在十三届全国人大一次会议上,表决通过了关于国务院机构改革方案的决定,标志着新一轮机构改革开始。《机构改革方案》对许多部门进行了调整,包括部门的组建和整合、职能的优化和规范,这既是行政单位自我完善和发展的必然要求,也是对国家治理体系和治理能力的优化。随着改革施行,行政单位人员、内设机构、职责的变化,改革前行政单位存在的问题将凸显、影响将扩大,在此背景下构建或完善行政单位内部控制具有现实意义。本文立足于《行政事业单位内部控制规范》,在阐述行政单位内部控制相关理论的基础上,分析机构改革实施之前某县市场监管局重组的两个主要单位——某县食品药品监管局和某县工商质监局的内部控制存在的问题,总结某县市场监管局内部控制构建将面临的挑战,并从单位层面和业务层面对其内部控制体系提出构建策略,最后对本论文进行总结,并指出其不足之处。