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石磺主要分布于我国东南沿海地区。近年来，海岸滩涂资源被大力开发，海岸环境的破坏污染日益严重，这对石磺造成极大的生存威胁，群体数量日益减少。本文应用ISSR分子标记技术对我国东南沿海地区的瘤背石磺和平疣桑椹石磺不同地理群体的遗传多样性进行分析，期望对石磺资源的保护和有效利用提供有效依据；根据Illumina双末端测序的结果设计筛选瘤背石磺的SSR并检测和分析引物的多态性特征。首先，采集盐城（YC）、上海(SH)、温州(WZ)、厦门(XM)、深圳(SZ)、海南(HN)6个不同地理群体的瘤背石磺做为实验材料，筛选出9个扩增多态性强、重复性好的ISSR分子标记进行遗传多样性研究。结果表明，6个地理群体的多态位点百分率在54.20%~70.99%之间，Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数分别在0.1564~0.2191和0.2421~0.3324之间。SZ群体的遗传多样性最高，其次是XM群体，SH群体的遗传多样性最低。6个群体之间的遗传距离在0.0858~0.2596间，遗传相似系数在0.7573~0.9177间。UPGMA聚类分析表明，WZ群体与XM群体最先聚为一支，HN群体与其他群体的遗传距离最远。且经Mantel检测，瘤背石磺6个地理群体的遗传距离和它们的地理距离无相关性（P=0.0890，r=0.3706）。6个群体的AMOVA分子变异分析表明，瘤背石磺47.25%的变异发生在群体间，52.75%的变异发生在群体内，居群内的遗传变异大于居群间的遗传变群体异。平均Fst值为0.4725，种间分化系数为（Gst）为0.3705，基因流（Nm）为0.8497，表明6个地理群体间已经发生了较大程度的遗传分化，其中推断遗传漂变可能是影响群体分化的主要因素之一。筛选出一个特异的标记引物881，在YC、SH、WZ、XM、SZ五个群体中均扩增大小约为410bp和370bp的两条条带，而HN群体在这两个位置上无扩增条带，却在为290bp处扩增出条带，可做为瘤背石磺HN群体区别于其他地理群体的特异引物。随后以浙江苍南（CN）、广西北海(GX)、广州湛江(ZJ)、海南海口(HN)4个地理群体的平疣桑椹石磺为实验材料，利用ISSR分子标记进行了遗传多样性研究。结果表明，4个地理群体的多态位点百分率在50.00%～79.03%之间，Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数分别在0.1116~0.2201和0.1787~0.3392之间。ZJ群体的遗传多样性最高，GX群体最低。4个群体之间的遗传距离在0.1081~0.2735间，遗传相似系数在0.7607~0.8975间。对100个样品个体进行聚类分析的结果显示，各群体的个体无交叉均各自聚为一支。根据遗传距离指数进行UPGMA聚类分析，CN群体与ZJ群体最先聚为一支，再与HN群体相聚，最后与GX群体聚类，GX群体与其他群体的遗传距离最远。经Mantel检测，平疣桑椹石磺4个地理群体的遗传距离和它们的地理距离无相关性（P=0.1730，r=-0.6054）。AMOVA分子变异分析表明，平疣桑椹石磺4个群体49.81%的变异发生在群体间，50.19%的变异发生在群体内，群体内的遗传变异大于居群间的遗传变异。平均Fst值为0.4981，种间分化系数为（Gst）为0.3828，基因流（Nm）为0.8063，表明4个群体间已经发生了较大程度的遗传分化。最后基于Illumina双末端测序的结果设计EST-SSR。在转录组基因中搜索微卫星位点共找到19241个微卫星位点，其中双碱基序列最多，三碱基序列次之，其他重复序列的比较分散。这些重复序列中，AC/TG重复在双碱基类型中最丰富，AAC重复在三碱基类型中比例最高，分别占双碱基和三碱基微卫星序列的47.15%和9.78%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物77对，40对引物获得了稳定扩增的清晰位点，其中11微卫星标记显示多态性，多态引物比例达到27.5%。11个SSR位点在30个瘤背石磺个体中共获得35个等位基因，多态性位点的等位基因2~5个，平均等位基因数2.1个。观测杂合度0.1333~0.8462，平均0.5532；期望杂合度0.1282~0.6996，平均0.4603；PIC0.120~0.638，平均0.389。各位点经哈迪-温伯格平衡检测，并经Bonferroni correction法校正，4个位点显著偏离平衡。这些引物可用于瘤背石磺后续的基因定位、遗传图谱等研究。实验结果说明基于Illumina双末端测序结果开发SSR分子标记是一种快速和有效的方法。