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近年来,随着测序技术的快速发展,对不同物种的基因组重测序成为研究的热点。通过对同一物种不同品种重测序数据的分析,可发现在驯化过程中受到选择的区域,进一步对选择区域进行分析,便可发现与特定性状相关的候选基因,并可在群体中进行基因功能的验证。本课题组前期通过对通城猪进行重测序及与野猪和欧洲家猪品种的基因组序列对比分析后,发现了来自常染色体和X染色体的196个选择性清扫区域,将这些区域内的570个编码蛋白的基因进行聚类分析,这些基因在34个不同的功能聚类项中富集,其中2项与行为有关;同时基于与猪体长相关的选择性清除区域的报道,选择肋骨数相关候选基因进行研究。本研究开展了猪争斗行为和肋骨数性状测定及候选基因SNP的筛查、基因型分型及与性状关联分析的研究。主要研究结果如下:1.基于全基因组测序数据分析的选择性清除区域鉴定猪争斗行为的候选基因本课题组前期通过全基因重测序分析发现了在驯化过程中与行为相关的选择区域,本研究在行为相关的选择区域筛选出PPFIA3、YWHAH、SERPINII、GLRB四个与神经系统发育相关的基因作为猪争斗行为的候选基因,通过混池测序,在大白猪群体中发现了 SRPINI1基因的第4和第9外显子分别存在一个错义突变;通过采用录像设备和人工观察相结合的方法对大白猪群体进行合群后24小时的观察,并在24小时后对其体表损伤进行评定,将个体的争斗次数和体表损伤评分,作为争斗性状的评定标准来衡量个体争斗性的强弱;通过构建基因-性状关联分析模型,发现SERPINI1基因g.50073.C>G与争斗行为相关,且GG型在争斗次数、前部体表损伤评分、中部体表损伤评分和总体表损伤评分上显著低于CC型。初步表明该位点可作为以后争斗行为评判的标记位点。2.基于选择清除区域鉴定“鄂通两头乌”群体与肋骨数相关候选基因基于与猪体长相关的选择性清除区域的报道,选择了VRTN、NR6A1 PLAG1、LCORL作为本研究的候选基因;屠宰了共398头“鄂通两头乌”并准确记录其肋骨数性状;通过构建基因-性状关联分析模型,发现VRTN基因内含子291bp的插入纯合型比杂合型和缺失纯合型分别多0.9对和1.7对肋骨;NR6A1的TT型肋骨较CT型和CC型分别多出0.5和0.9对;PLAG1的GG型的肋骨较GT型和TT型分别多出0.6和0.9对;VRTN与NR6A1基因存在显著的基因互作效应,VRTN基因291bp的插入纯合型与NR6A1的TT型组合,个体的肋骨数最多。初步表明VRTN、NR6A1、PLAG1基因在“鄂通两头乌”群体中与肋骨数显著相关,可作为有效的遗传标记位点。本研究在不同的群体中对争斗行为和肋骨数两个性状进行探索,鉴定出了有效的可用于标记辅助选择的SNP位点,同时对以后基因功能的研究提供了一定的参考。