敦煌位处河西走廊最西端,汉唐时期一直是中西经济、文化往来的交通枢纽。特别是隋唐五代宋初时期,敦煌户口滋盛,文化繁荣,商贾行旅往来不绝,达到其历史发展的最顶峰。北宋皇祐五年(1053)以后,西夏取代沙州回鹘并开始了在敦煌的统治。自此,敦煌又进入了其历史上的西夏至清代统治时期。1036年,党项军队攻克沙州(敦煌)、瓜州,但次年沙州回鹘势力又将党项军队逐出沙州,并建立短暂统治沙州的回鹘政权;瓜州在破城后一直处在西夏的统治之下。1053年以后,西夏军队击溃沙州回鹘政权,并开始对沙州的统治。西夏前期瓜、沙地区的统治中心在瓜州,1097年以后西夏在沙州设立了监军司,瓜、沙地区的统治中心又移至沙州。西夏在敦煌设立有监军司、转运司、经制司等机构,建立起完备的行政建置与职官体系,敦煌的农业、畜牧业等经济也得到进一步发展。1227年,蒙古军攻克沙州、瓜州,沙州先后属拔都和察合台势力范围。至元十七年(1280),元代设立沙州路总管府,瓜州为其属州,同时任命出伯家族进行镇戍。元代时期,敦煌的农业、畜牧业等经济有所发展,敦煌也成为元朝至西域站赤交通的重要节点。西夏、元时期,敦煌佛教氛围浓厚。尽管敦煌石窟艺术已接近尾声,但其中的西夏、元代壁画仍然取得了很高的艺术成就。1368年明军攻克沙州,但明朝并未在当地建立统治,而是先后设立了沙州卫和罕东左卫,以蒙古族首领担任都督、指挥使等官职实行羁縻统治。但明中期以后由于西北边疆形势的恶化,明代最终将七卫部众全部内迁,闭关绝贡,彻底放弃关西土地。清朝康熙后期,以平定西域准噶尔之乱为契机,开始经理关西地区。雍正三年(1725)设立沙州所、四年(1726)升为沙州卫,乾隆二十五年(1760)正式设立敦煌县。雍正、乾隆时期,通过设所置卫改县及建城移民屯田等举措,敦煌社会经济的各个方面均得到了恢复性发展。总体而言,随着大一统王朝的发展,敦煌在中西交通上的枢纽地位逐渐下降。另一方面,西夏、蒙元时期敦煌汉人数量减少,汉唐时期形成的以汉文化为主体、参之以少数民族文化的敦煌文化已逐渐衰弱。明代敦煌更是进入了其历史发展的最低谷时期。清代时期进行了积极经营,使敦煌的社会面貌和经济发展迅速恢复,但由于敦煌人口全为甘肃各地移民发展而来,其文化、信仰已非昔日之状。