长链非编码RNA-n346372在膀胱癌发生发展中的作用及相关基因研究

来源 :第二军医大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:whk213071596
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目的:1.基于全转录组高通量测序结果,筛选在膀胱癌组织与癌旁组织中显著差异表达的lncRNA分子;2.验证lncRNA-n346372在膀胱癌组织与癌旁组织,膀胱癌细胞系中的表达差异情况,以及与患者临床病理信息的相关性;3.探讨lncRNA-n346372在膀胱癌细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡等生物学功能中的作用;4.进一步分析验证lncRNA-n346372与mRNA Cyclin B1的相关性,预测可能涉及的调控网络。方法:1.通过新一代测序技术,对10对膀胱癌组织/癌旁组织进行全转录组高通量测序,采用Wilcoxon rank sum test、DESeq2、EdgeR等统计学分析方法,以p<0.05、fdr<0.05、log2FoldChange>2为筛选策略,对测序结果中差异表达的lncRNA进行再次筛选,为后续验证缩小范围;2.提取40对膀胱癌/癌旁组织,及5个不同恶性程度的膀胱癌细胞系中的RNA,反转录成cDNA,采用Real Time qPCR技术和FISH技术对上述筛选结果中lncRNA n346372的表达情况进行进一步组织和细胞水平的验证,同时对不同肿瘤级别中lncRNA n346372中的表达量进行t test比较分析,明确其相关性;3.分别构建lncRNA-n346372 shRNA T24慢病毒及过表达5637稳转细胞株,通过CCK-8,小室,流式等实验技术,观察不同处理组相对对照组细胞功能变化情况;4.在高通量测序发现的众多差异表达lncRNA及mRNA的基础上,通过生物信息学的相关性分析,预测可能与lncRNA-n346372相关的mRNA分子,进一步通过Real Time qPCR,免疫组化,Weston Blot等技术验证两者在组织和细胞表达水平的相关性,为后续功能相关性以及调控机制研究提供前提依据。结果:1.按照上述策略,共筛选出32条log2FoldChange>2的lncRNAs,其中差异倍数>3的lncRNAs共9条,lncRNA-n346372 T/N的差异倍数最高,为3.96倍;Tumor组的相对表达量平均值为4.29,Normal组为0.20;2.40对组织中有18对膀胱癌组织大于癌旁组织,肿瘤组的表达量显著高于对照组(P<0.05),并在FISH实验中得以证实。在高级别肿瘤组织中的表达高于低级别肿瘤组织(P<0.05)。在T24(高侵袭性)膀胱癌细胞株的表达量显著高于5637(低侵袭性)膀胱癌细胞系;3.成功构建干扰/过表达稳转膀胱癌细胞株,干扰T24膀胱癌细胞内的lncRNA-n346372表达后后,其增殖能力、迁移及侵袭能力受到抑制,而过表达后细胞增殖、迁移及侵袭能力显著增强。4.生物信息学相关性分析显示lncRNA-n346372与细胞周期蛋白Cyclin B1具有显著相关性(P<0.05),相关系数r=0.76。并在组织核酸水平的验证中得以证实,而且免疫组化、Weston Blot实验发现Cyclin B1在膀胱癌组织中表达水平高于癌旁组织。干扰lncRNA-n346372的细胞株的Cyclin B1的表达量显著低于对照组。结论:1.LncRNA-n346372在膀胱癌组织的表达量显著高于癌旁组织,病理级别越高lncRNA-n346372的表达量越高,与恶性表型存在显著相关性。2.LncRNA-n346372参与膀胱癌细胞的增殖、迁移及侵袭等功能3.LncRNA-n346372与mRNA Cyclin B1在表达水平上存在相关性,lncRNA-n346372可能通过靶向调节mRNA Cyclin B1表达影响膀胱癌细胞的功能。
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