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随着全球淡水资源日趋减少和土壤盐渍化程度的不断加剧,干旱和盐害已成为影响作物可持续生产的主要非生物胁迫因子。蔬菜作物喜肥水,其产量和品质易受干旱和盐胁迫的影响,其中仅次于马铃薯的第二大蔬菜作物番茄(Solanum lycopersicum)对盐胁迫中度敏感,对干旱敏感。而鉴于现有栽培种番茄遗传背景狭窄,其耐盐和耐旱遗传改良一直较为缓慢。相反,一些番茄的野生或野生近缘种生长在环境条件极度恶劣的安第斯山脉或太平洋沿岸,通过漫长演化,适应了干旱和盐碱环境条件,蕴含优异的抗逆基因,为未来番茄耐旱和耐盐碱遗传改良提供了可能。本论文以耐盐、耐旱性较强的醋栗番茄(S.pimpinellifolium)PI365967(PI)和普通栽培种番茄Moneymaker(MM)为亲本,构建了一个F10代重组自交系(Recombinant Inbred Line,RIL)群体,并对其进行了苗期耐盐、耐旱性鉴定,采用全基因组低倍重测序(1.5×)策略,定位了番茄苗期耐盐和耐旱相关的QTL,并预测了候选基因,从基因组水平探讨了其耐盐和耐旱机制,主要研究结果概括如下:(1)以栽培种Moneymaker为母本,野生醋栗番茄PI365967为父本,采用单粒传法,构建了包含211个株系的F10代重组自交系群体,利用全基因组低倍重测序挖掘了海量SNP,构建了一张包含22,570个bin的重组区段图(bin-map)。(2)基于构建好的醋栗番茄RIL群体和重组bin,在染色体上均匀选取其中1800个bin作为分子标记,用JoinMap构建了一个总图距为1194.08 cM的遗传连锁图谱,标记间平均遗传距离为0.66 cM。(3)在400 mmol?L-1 NaCl盐浓度条件下,对RIL群体进行两年独立重复试验筛选,年度间群体成活率相关系数为0.687,达极显著水平。利用构建好的遗传连锁图谱和22,570个重组bin,结合表型鉴定结果,采用MapQTL和GWAS两种方法分别鉴定出21和22个QTLs,其中10个QTLs相同。在两年试验中均可检测到Qst1-3、Qst5-4和Qst7-1位点,贡献率分别为8.3%、10.3%、8.4%,该些QTLs所在区域共包含15个基因,分别属类动蛋白(Solyc01g108670.2)、病程相关蛋白(Solyc07g062010.1,Solyc07g062020.1)、激酶(Solyc07g062040.2,Solyc07g062070.2,Solyc07g062080.2)、信号转导子与转录激活子(Solyc07g062050.2)、锌指蛋白(Solyc07g062100.2)、代谢相关酶类(Solyc07g061990.2,Solyc07g062000.1,Solyc07g062030.2)等。通过耐盐候选基因分析,预测野生资源S.pimpinellifolium PI365967有可能通过MAPKs等途径响应盐胁迫信号。(4)采用盆栽法对RIL群体进行干旱复水处理,两年独立重复试验结果表明年度间群体的成活率相关系数为0.453,达极显著水平。利用已构建的遗传连锁图谱和22,570个重组bin,结合表型鉴定结果,采用MapQTL和GWAS两种方法,均分别检测到21个耐旱相关的QTLs,其中7个QTLs相同。在两年独立重复试验中两种不同方法均可检测到Qdt1-4和Qdt1-10位点,贡献率分别为15.0%和9.8%。在其Peakbin中预测到两个耐旱候选基因,分别是三角状五肽重复区蛋白基因(PPR)(Solyc01g100450.1)和Cys2/His2型锌指蛋白基因(Solyc01g107170.2)。通过对醋栗番茄RIL群体的耐盐耐旱性分析,挖掘了相对稳定的相关QTLs,为番茄耐盐耐旱遗传改良提供技术支撑,同时也为群体其他优异性状的挖掘奠定了一定基础。