棉花是重要的天然纤维作物,同时也是重要的植物蛋白和油料来源。随着全球对纺织品需求的增加,提高纤维产量和纤维品质一直是棉花育种者关注的焦点。陆地棉具备高产、强适应性的特点,在全世界各地都有种植,但陆地棉遗传基础比较狭窄,限制了棉花产量、品质改良的进展。毛棉具有耐旱、抗盐碱等陆地棉不具有的特性,陆地棉与毛棉间的杂交可产生可育后代。构建陆地棉和野生棉种毛棉种间高密度遗传图谱,对毛棉优良性状QTL有利等位基因的挖掘和陆地棉分子标记辅助选择育种（marker assisted selection,MAS）具有重要意义。本研究对实验室前期构建的陆地棉与毛棉BC₁群体遗传连锁图谱进行标记加密,并比较分析了棉花基因组染色体结构变异。主要结果如下:1.引物多态性筛选用21426对SSR引物对两亲本陆地棉CCRI 35和P0601211进行多态性筛选,最终共获得962对多态性SSR引物,多态性比例为4.90%。2.遗传连锁图谱加密与偏分离检测用筛选出来的多态性引物对92个BC₁单株进行群体标记基因型检测,加密后的遗传图谱包含1915个标记位点,图谱总长度为4069 cM,相邻标记间的平均距离为2.12 cM。对获得的1915个标记位点进行偏分离检测,有223个位点偏离孟德尔分离比（1:1）,占总标记位点的11.64%。其中A亚组有94个偏分离标记,D亚组有129个偏分离标记。3.陆、海遗传图谱和陆、毛遗传图谱共线性分析构建的遗传图谱与陆地棉×海岛棉遗传图谱进行共线性分析表明,除Chr.01上有倒位,多数标记在两个遗传图谱间都呈现良好的线性关系。4.遗传图谱与陆地棉、雷蒙德氏棉及亚洲棉基因组物理图谱线性关系比较比较遗传图谱与陆地棉基因组物理图谱的线性关系,本遗传图谱存在1处倒位;与雷蒙德氏棉基因组物理图谱相比,有两大相互易位,4处倒位,3处简单易位;与亚洲棉基因组物理图谱比较,发现了两大相互易位,4处简单易位,11处倒位。