新型城镇化的进程伴随着农地产权变更与权能重组,由于制度的不合理以及农民的弱势地位,农民土地权益的流失就成为必然结果。长期以来,我国农民土地权益得不到充分有效的保障,其根源在于法律制度上的缺位。新型城镇化进程中,农民土地权益保障是一个非常复杂的系统工程,需要各方面法律制度的有力、有效配合。法律制度和谐是社会和谐之根本,也是新型城镇化进程中农民土地权益保障的根本所在,对新型城镇化进程中农民土地权益保障进行法律制度安排,既能使新型城镇化实现土地资源的优化配置,也能保障农民平等的生存权和发展权。农村土地与农民利益是一个密切联系的统一体,新型城镇化进程中保障农民土地权益,需要对农村土地进行法制化、发展化、体系化的法律制度安排。首先,本研究将综合运用法学、经济学等多学科的理论对农民土地权益保障制度的基础理论进行分析,尤其是对法学理论中的平等生存权与发展权理论、农地发展权和宏观调控理论,以及经济学上的利益与利益机制理论、政府规制理论以及制度变迁理论进行阐述,为新型城镇化进程中农民权益保障法律制度的构建提供理论基础。其次,对新型城镇化进程中农民土地权益保障的法律法规和法律制度进行体系化梳理,特别地,将制度中关于农地流转、集体建设用地配置以及农地征收的规定进行梳理,分析发现农地承包经营权的权能逐渐扩展,并能自由流转;农村集体建设用地经历了制度上的全面禁止到局部放开的变化;征地制度的变化仅在于补偿额度,但始终有补偿上限的限制。总之,农民土地权益完全依附于制度的安排,随制度变化而变化;在农村土地集体所有制下,农民的土地权益在绝对损失过程中相对在增加,农民的土地权益受制于国家的发展战略,也当然遵循城镇化战略。然后,农地流转、集体建设用地入市以及农地征收是提高土地资源配置的效率的必然要求,也是推进新型城镇化进程的必然趋势。对新型城镇化进程中农民土地权益法律保障的现状进行研究,得出我国农民土地权益保障的法律制度存在着诸多问题:农地流转、抵押和入股权能受限、“三权分置”的法律化滞后、流转法律程序不健全;集体经营性建设用地入市法律规定滞后、宅基地用益物权权能受限;征地目标泛化、征地补偿不合理、征地法律程序不完善等。再次,由于农地流转是现有体制下实现、发展与保障土地权益的最佳选择,重点选择土地承包经营权流转的视角进行农民土地权益保障实证调研,为完善新型城镇化进程中农民土地权益保障法律制度提供实践基础。实证剖析农地流转实践存在流转行为不规范、流转价格生成制度不健全、农地流转用途改变、流转融资难等损害农民土地权益的问题,同时还存在“确权不确地”、“非农化”、“非粮化”以及合同违约、农地过度集中等影响农民土地权益进而危害土地安全、生态安全、产业安全与社会安全的风险。最后,通过理论与实证的分析,对新型城镇化进程中农民土地权益保障的法律制度进行完善与创新。第一方面:首先,农村土地流转法律制度的完善,包括农地“三权分置”政策法律化的“三权分设”,流转、抵押和入股的权能复归,农地经营权主体的市场准入,流转价格指导制度、经营性建设用地入市制度、宅基地用益物权权能复归等;其次,农村土地流转法律制度的创新,包括农地流转股权定额保障金制度、农地流转风险保障金制度、以及农地流转法律制度可操作性的具体立法选择。第二方面:借鉴土地征收中农民土地权益保障的国际经验,进行我国农村土地征收法律制度的完善,包括严格限制征地权,完善土地征收制度,注重界定土地征收目的范围,规范土地征收程序;改革征地补偿制度,提高征地补偿标准。第三方面:健全农民土地权益保障的配套法律制度,包括集体经济组织成员权制度、土地增值收益分配制度、农地流转信息规制制度、多元土地纠纷化解制度。