山羊(Capra hircus)是一种重要的经济动物,它为人们提供了优质的皮、毛和动物蛋白。山羊的产羔率较低,且遗传力也很低,限制了其育种进程。近年来全国肉羊产业发展迅速,传统的育种方法已经很难满足人们的需求。安徽白山羊以性早熟、繁殖力高而著称,母羊全年发情,一年产两胎或两年产三胎,产羔率高,是研究山羊繁殖性状的理想材料。相较于绵羊,山羊高繁殖力相关基因的研究成果还不多。因此,本研究选取单羔和多羔安徽白山羊发情期卵巢为试验材料,通过RNA-Seq(Quantification)的方法来筛选和分析它们之间的差异表达基因,寻找控制山羊高繁殖力的主效基因,为山羊的分子育种提供理论依据。本试验分为以下2个部分：1.单、多羔安徽白山羊卵巢组织差异表达基因的筛选和分析为了筛选与安徽白山羊高繁殖力相关的基因,根据羊场最近5年的繁殖记录,挑选单羔和多羔母羊各3只,利用RNA-Seq(Quantification)技术对单羔和多羔安徽白山羊卵巢组织进行了高通量测序,结果在2个文库里都产生了超过5,900,000的原始数据,纯净序列占原始数据的比例分别达到98.60%和98.16%。在15890个检测到的基因中,以FDR<0.001并且|log2Ratio|≥1为标准筛选出了2201个差异表达的基因,其中1583个在多羔山羊卵巢中上调,618个在多羔山羊卵巢中下调。差异表达基因共参与了50个GO分类,在3个主要GO分类中占据优势地位的分别是细胞的过程、细胞和细胞部分、结合。KEGG Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因共参与了244条Pathway,以Qvalue≤0.05为筛选标准,发现富集条目主要集中在细胞外基质受体相互作用、粘着斑和肌动蛋白细胞骨架调节等11条信号通路上。随机挑选10个基因用定量PCR技术对试验结果的准确性进行了验证。最后经生物信息学分析,初步筛选出了12个可能与山羊高繁殖力有关的基因,其中FER1L4、GVINP1、GVIN1、Itga4和OPN可能是重点候选基因。本研究通过RNA-seq(Quantification)技术筛选和分析了单羔和多羔安徽白山羊卵巢组织中的差异表达基因,这些结果为探索山羊高繁殖力提供了新的候选基因,为更加深入研究山羊高繁殖力分子机制奠定了基础。2. FER1L4和SRD5A2基因在山羊不同组织中的表达谱分析为了进一步分析差异表达基因与山羊高繁殖力之间的关系,挑选单羔、多羔安徽白山羊及波尔山羊各3只,分别采集其心、肝、脾、肺、肾、肌肉、卵巢、输卵管、子宫和小肠组织,采用qPCR的方法分析FER1L4和SRD5A2基因在山羊不同组织的表达谱。结果表明,FER1L4和SRD5A2基因在安徽白山羊和波尔山羊中的表达呈现出一定的组织特异性：FER1L4在安徽白山羊和波尔山羊的卵巢中均表达,而在心、肾和子宫中都几乎不表达；SRD5A2基因在安徽白山羊和波尔山羊的卵巢中均表达,而在心、肺、子宫和小肠也几乎不表达,且在单羔安徽白山羊和波尔山羊的肝中均特异性高表达。试验结果表明,FER1L4和SRD5A2基因可能与安徽白山羊的高繁殖力相关,但与波尔山羊繁殖力之间的关系还有待进一步研究。