自20世纪20年代以来,世界性的环境污染对人类的生存安全造成了威胁,50年代时,人们逐渐认识到环境保护的重要性及不可或缺性,西方各国环境保护人士开始了具有组织规范的环保活动,并且部分国家制定环境保护相关法律。自上世纪60年代伊始,世界各国逐步将环境审计引入到政府审计。在十八大以前,国家就已经有经济责任审计和环境审计,环境审计重点围绕“资金、项目、政策、责任”,揭示了环境保护政策落实、项目建设运营和资金管理使用的问题,增加了审计范围,真正树立了绿色发展概念。但政府部门主要对领导干部开展经济责任审计,并未涉及到自然环境,忽视了部分领导干部为了追求经济利益而不合理开发和利用资源环境,对自然资源资产进行不合理的开发和利用,导致生态环境被破坏、自然资源匮乏,这就使得政府规范领导干部资源环境管理的行为,由政府推出领导干部自然资源资产离任审计并实行,现已步入全面推广阶段,其承担着中央生态文明体制改革任务,但领导干部自然资源资产离任审计涉及面较广,并且要求审计人员具备相关的资源环境知识,其评价指标体系没有统一的评价标准,在审计过程中,审计人员更加注重合规性指标造成指标选取的不全面,进而使得评价结果难以准确评价领导干部履责情况,因此,论文通过参考最新的相关文献,研究水利部门领导干部自然资源资产离任审计评价指标体系,结合N市审计案例,补充完善现有的评价指标体系内容,希望构建出一套框架科学、指标全面、评价结果合理的评价指标体系,以促进水资源的可持续发展、提高领导干部的有效评价、落实离任审计的监督机制。论文首先对领导干部自然资源资产离任审计相关理论基础及概念进行了阐述与总结,其次,构建水利部门领导干部自然资源资产离任审计评价指标体系,介绍构建的原则、目标方法和指标内容,根据所研究的文献资料,从领导干部应尽责任入手,在资源环境制度责任指标、资源环境财务责任指标、资源环境信息报告责任指标和资源环境业务责任指标方面选取评价指标。再次,分析N市水利部门领导干部X审计案例,找到审计案例存在的问题并分析原因所在。然后,通过层次分析法构建多层次结构模型,运用专家打分法建立重要性矩阵,计算各指标权重,最终构成评价指标体系,并将之应用于N市审计案例中,在应用中评价,是否有效解决了N市指标体系中的问题,最后,提出评价体系运行的有效保障。