猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome,PRRS)是20世纪80年代末发现的一种高度传染性疾病,引起妊娠母猪的流产、死胎、木乃伊胎等繁殖障碍症状,以及各种年龄猪(特别是仔猪)的呼吸道症状,其病原为猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV)。本研究以来源于重庆地区的8份临床疑似病料作为研究对象,分别命名为T1、H1、B1、C1、B2、C2、H2、C3,根据中国标准株序列,利用软件Primer5.0设计了六对针对GP5基因的特异性引物,分别命名为P1.1/P1.2、P2.1/P2.2、P3.1/P3.2、P4.1/P4.2、P5.1/P5.2、P6.1/P6.2,最后用引物P6.1/P5.2通过RT-PCR方法扩增出777bp基因片段,将其插入克隆载体质粒pMD19-T。构建重组质粒,并对克隆的GP5基因进行序列测定。实验结果表明T1、B1、C1、B2、H2、C3这6份为阳性,8份样品的阳性检出率为75.0%。C3未能测出序列,测序结果显示,T1、C1、B2、H2的GP5基因全长603bp,包含完整的GP5基因的开放阅读框,编码200个氨基酸,B1的GP5基因全长604bp。将本研究获得的5个毒株的GP5基因序列进行同源性比较,结果显示5个毒株之间的核苷酸序列同源性为96.2%～99.8%,T1与B1、T1与C1、T1与B2、T1与H2、B1与C1、B1与B2、B1与H2、C1与B2、C1与H2、B2与H2的同源性分别为97.7%、97.7%、98.5%、99.8%、96.2%、97.5%、97.5%、97.7%、97.5%、98.3%。将这5株与VR-2332,JX-1,JXA1,Henan-1,NX06,,BJsy06,HB-1,CH-1a,LV的GP5基因序列进行同源性比较,结果显示5个毒株与VR-2332,JX-1,JXA1,Henan-1,NX06,HB-1,CH-1a,LV的GP5序列的同源性分别为87.9%～89.4%,96.7%～98.2%,97.7%～99.5%,98.0%～99.3%,97.8%～99.7%,95.5%～97.0%,94.0%～96.2%,64.5%～65.6%。除B1株外,T1、C1、B2、H2这4株的编码氨基酸序列之间的同源性为97.0%～99.5%,其中T1与C1、T1与B2、T1与H2、C1与B2、C1与H2、B2与H2的同源性分别为97.5%、97.5%、99.5%、98.0%、97.0%、97.0%。这4株与其它国内外的毒株的相似性为59.5%～100.0%,其中H2与LV的同源性最低为59.5%,B2与NX06和BJsy06的同源性最高为100.0%。表明国内流行的毒株在基因区域的变异较小。推导编码氨基酸的比较结果表明,中和表位和非中和表位区域均存在变异,与毒力相关的氨基酸(13位aa和151位aa)不存在变异。把5株流行毒株与国内外已发表的20株PRRSV相应序列进行比较,并建立了遗传进化树。结果表明,PRRSV毒株分为2个基因型(美洲型和欧洲型),美洲型可以分为4个亚群。本研究中所获得的流行毒株都属于美洲型Ⅰ亚群。