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本研究以“金鳞1号”黄姑鱼为材料,对黄姑鱼的生长、净重率、鳔指数及性腺指数等经济性状进行全基因组关联分析,旨在发掘影响黄姑鱼经济相关性状的分子标记及候选基因,为黄姑鱼遗传改良和性状控制机理的研究提供基础资料。主要研究结果如下:1、16月龄“金鳞1号”黄姑鱼的全长、体高及体厚与体重存在极显著正相关。其中,全长对体重的相关系数、决定系数均最大,说明该3种形态性状即为影响体重的主要性状。净重率、鳔指数与性腺指数3个性状两两之间相关性极显著（P<0.01）,但性腺指数和鳔指数间呈极显著负相关。2、以393尾16月龄“金鳞1号”黄姑鱼为研究材料,通过GBS测序挖掘SNP标记,对体重、体长、体高和体厚4个生长性状进行全基因组关联分析。每个个体测序量为1.372Gb,共挖掘到498,932个SNP标记,经过滤获得81,991个有效的SNP标记。采用EMMAX模型进行GWAS的结果显示,4个性状都没有定位到显著相关的SNP位点,但都存在一些相关性比较明显的SNP簇。筛选出12个与生长性状相关趋势的SNP簇,这些SNP簇主要分布在1号、6号、8号、9号、17号、21号染色体和Unassembledscaffold上。研究发现,一些SNP同时与一个以上性状存在关联,如YD14388.t1、YD14360.t1、YD13280.t1、YD13283.t1,不仅和体重性状有较大的关联趋势,与体长也有一定关联。暗示这些性状可能受到相同的基因（一因多效）或紧密连锁的基因的控制。根据6个不同的SNP簇,共筛选出13个与生长性状相关的候选基因,即camsap1、col27a1、tbx18、ept1、zfhx2、loc104918090、at1g35710、zfhx2、lcorl、ppp2r2c、arhgap29、olfm3与loc104931259。其功能主要是参与调控生物发育过程、细胞形态、骨架的构造、胚胎的发育过程及骨组织的发育等。3、对黄姑鱼净重率、鳔指数和性腺指数进行全基因组关联分析,分别筛选出3个、4个、3个与之相关的SNP簇,它们主要分布在LG2、LG9、LG12、LG20和LG23。在LG214124885上有2个SNP位点与鳔指数极显著相关（P<0.01）,6个有明显关联趋势的SNP;筛选得到7个相关功能基因,即bmp1、stom、stbd1、shroom2、loc104923519、gli2、inhbb。3个性状共筛选出相关功能基因18个。研究发现,这些基因大部分为转录调控因子,且参与了细胞周期的调控,可能影响黄姑鱼净重率、鳔指数和性腺指数性状。筛选出来的这些基因,部分在鱼类上有相关报道。