本研究利用线粒体16S rDNA及D-loop片段的直接测序法以及扩增片段长度多态性(AFLP)两种标记技术探讨短颌鲚和湖鲚的物种有效性。在此基础上，根据线粒体D-loop区及细胞色素b序列设计特异性引物，筛选鲚属鱼类种质特异性分子标记。同时，还利用AFLP技术分析了长江南京段刀鲚的遗传多样性。　　 根据刀鲚线粒体基因16S rDNA及D-loop保守序列设计的引物扩增得到了部分序列，片断长度分别为1000bp及550bp左右，在拼接后得到的1317个比对位点中，变异位点294个，简约信息位点54个，碱基转换与颠换值比为5.489。以秘鲁鲲为外群，分别用距离法(MP)、邻接法(NJ)及最大似然法(ML)三种方法重建系统发生树，结果表明，短颌鲚、刀鲚、湖鲚三个种群聚为一类，凤鲚单独聚为一类。短颌鲚、刀鲚和湖鲚三者之间的遗传距离在为0.000-0.005之间，明显小于与凤鲚之间的遗传距离0.044-0.047。利用AFLP技术，筛选出扩增片段多、条带清晰的3对EcoRⅠ/MseⅠ引物组合在鲚属鱼类四个种群中扩增的多态性位点比例在71.85％～75.36％之间，经LIPGMA屎类分析，短颌鲚、刀鲚、湖鲚三个种群聚为一类，凤鲚单独聚为一类。短颌鲚、刀鲚和湖鲚三者之间的遗传距离在为0.0484～0.0744之间，明显小于与凤鲚之间的遗传距离0.1675～0.2102。分析结果可见，刀鲚、短颌鲚、湖鲚三个群体间的遗传距离远小于其他鱼类种群内部的遗传距离，三者之间形态和生理特性上的不同属于种群内部的差异，还没有达到形成新物种的条件。因此短颌鲚和湖鲚只是刀鲚的一个淡水生态型种群。　　 在部分测序基础上，根据cytochrome b基因和控制区D-loop序列设计合成了13对序列特异性引物，通过PCR扩增后琼脂糖凝胶电泳显示特征条带的有无，筛选出了两对引物1v1F/1v1R与1v2F/1v12R，可高效特异地将刀鲚(包括刀鲚、湖鲚、短颌鲚)与凤鲚进行物种鉴定，结果与形态学鉴定结果一致。与传统分类学方法相比，本研究筛选获得的两对分子标记具有可以快速检测大量个体、结果稳定性好、重现性高等优点、且能高效特异地检测出不同发育时期的刀鲚，为寻找长江野生刀鲚现有产卵场所提供理论依据。　　 另外，利用AFLP技术对我国长江南京潜州江段捕获的野生刀鲚(Coilianasus)资源的遗传多样性进行了分析。筛选出扩增片段多、条带清晰的3对EcoRⅠ/MseⅠ引物组合，在34尾个体中共扩增出118条清晰的片段，分子量大小在200～1500 bp之间，其中多态位点67个，多态性比例为56.78％。种群Nei基因多样性指数为0.2183，Shannon多样性指数为0.3204；种群内遗传距离在0.1263～0.4012之间，显示目前长江刀鲚野生群体的遗传多样性比较丰富。