乡镇卫生院作为我国最主要的基层医疗机构,肩负着广大农村人口的医疗保障任务,是基层广大人民群众身体健康的“守护神”。但是,乡镇卫生院在其运营和发展过程中也存在着多方面问题,在新型农村合作医疗制度背景下,这些问题变得错综复杂并且呈现出一些新的特点。本文对湖南省泪罗市的5家乡镇卫生院的医务工作人员以及这5个乡镇的农民开展了详细的问卷调查和采访,结合文献调查,发现当前乡镇卫生院主要存在以下问题：1、人才和待遇方面,医生技术水平低、工资待遇差,工作和学习积极性不高,面临人才断层危机。2、医疗设备方面,一些医疗设备因为缺乏医技人员、使用次数少、运营成本高、缺乏监督管理和维修等原因而空置、损坏甚至丢失、转卖。3、经营管理方面,因为国家财政支持力度不够、医保资金不能足额发放、市场竞争压力较大、医患矛盾突出等原因,卫生院接诊人数少、营业收入低,医生不愿接诊,还存在与县级、省级医院缺乏对接机制、沟通渠道不畅的问题。4、“新农合”制度方面,住院费直报和异地结算推广缓慢,必须住院才能报销、单次花费达一定限额才能报销的规定为农民获得报销设置了较高的门槛,医疗费用随医保制度实施而上涨、农民所得实惠有限。为使乡镇医院走出生存困境,笔者提出以下建议：开展城乡医院对口帮扶；推行执业资格培训制度；建立健全全科医生制度；推广中医；改革绩效工资制度；提供上门服务；建立城乡一体化医疗体系；推进医保全国联网。