鸡源奇异变形杆菌噬菌体分离鉴定、生物学特性及全基因组分析

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奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)与人和动物的胃肠道、呼吸系统、泌尿系统的感染密切相关,是养殖场雏鸡孵化率低的重要病原之一。在养殖场全面限抗的政策下,噬菌体疗法有望解决细菌感染,特别是耐药菌感染的问题。本文对成都一孵化场死胚进行奇异变形杆菌的分离和鉴定,并分析其耐药性。将分离菌作为宿主菌分离鉴定并筛选出一株高裂解率的奇异变形杆菌噬菌体,明确其生物学特性,并对其进行了生物信息学分析,为奇异变形杆菌的防控提供科学依据。主要研究结果如下:1.奇异变形杆菌的分离鉴定及其噬菌体的分离为了解成都某孵化场鸡胚感染奇异变形杆菌的情况,将死胚卵黄液预增菌培养后,接种到选择性培养基进行奇异变形杆菌的分离、经分离菌菌落形态观察、革兰染色鉴定、生化鉴定、特异性基因PCR扩增后凝胶电泳等确定奇异变形杆菌的分离率,并对分离的细菌开展药敏试验,将分离菌作为宿主菌用双层琼脂平板法分离纯化噬菌体。结果从200枚死胚的卵黄液中分离鉴定出27株奇异变形杆菌菌株,分离率为13.5%(27/200);分离菌对阿莫西林、四环素、头孢唑林、氯霉素、氟苯尼考、复方新诺明、磺胺异噁唑耐药率达到100%,对多西环素以及萘啶酸耐药率超过50%;分离出4株奇异变形杆菌噬菌体,纯化后的噬菌体其噬菌斑边缘整齐、大小均匀且透亮。研究结果表明该孵化场奇异变形杆菌耐药情况严重,分离的奇异变形杆菌及其噬菌体为奇异变形杆菌感染的防控提供了材料。2.奇异变形杆菌噬菌体生物学特性研究和全基因组生物信息学分析本研究从上述分离鉴定出的4株奇异变形干菌噬菌体中筛选出1株裂解率最高的,将其命名为Q29,研究了Q29的生物学特性,并测定了该噬菌体的全基因组,进一步分析了其基因组特征。结果显示噬菌体Q29可裂解本研究分离鉴定的27株奇异变形杆菌中的12株,裂解率为44%(12/27);该噬菌体效价为1.6×1011 PFU/m L;头部粒径70 nm,尾长90 nm;在37℃~55℃活性稳定,65℃作用1 h仍有活性,具有热稳定性;在pH 4~pH 9活性稳定,具有酸碱稳定性;最佳感染复数(MOI)为0.001;潜伏期为15 min,爆发期为35 min,平均裂解量为60 PFU/m L;全基因组为58664 bp,GC含量为46.87%,不携带抗生素基因,不编码毒力基因,上传NCBI获得登录号为OM962992;共预测出30个开放阅读框(open reading frame,ORF),并注释了各ORF编码蛋白可能存在的功能。该噬菌体具有控制奇异变形杆菌感染的潜在应用潜力,为后续开发噬菌体制剂提供了科学的数据。
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