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西伯利亚杏(Armeniaca sibirica)生活适应性强,能在干旱恶劣环境下正常生长,是兼具生态价值与经济价值的优良树种。本文以132个西伯利亚杏无性系为供试样本,采用SSR分子标记的方法,对西伯利亚杏进行了分子聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析和分子方差分析,为西伯利亚杏SSR分子标记研究提供了科学理论依据。研究结果如下:(1)聚类分析把132个西伯利亚杏无性系分为3大类9亚类(用P1-P9表示)。结果显示,地理种源在聚类结果中起主导作用,种质特征起次要作用。P1亚类共47个无性系,来自辽西地区与内蒙古敖汉旗,两者气候一致地理位置相邻;P2亚类共22个无性系,以内蒙古扎兰屯种源为主,总体特征为晚花类型和变异类型;P3亚类共21个无性系,来自内蒙古扎兰屯与俄罗斯外贝加尔边疆区,总体特征为极耐旱和丰产类型;P4亚类共6个无性系,来源地可总结为自东北东部地区,全部为丰产类型;P5亚类共3个无性系;P6亚类共4个无性系;P7亚类共5个无性系,种质资源均为丰产类型;P8亚类共20个无性系,无性系来源地集中在辽西地区的北票县,种质资源均以丰产类型为主,少有变异类型;P9共4个无性系,来自辽宁喀左县的丰产类型。(2)STRUCTURE模型的亚群划分表明最佳分组数为2,其次是5和8。当分类为2个亚群时,A1、A2亚群分别有103个和29个无性系。当分类为5个亚群时,B1到B5亚群分别有21、9、20、44和38个无性系。其中B2、B3组成了A1;B1、B4、B5组成了A2。当分类为8个亚群时,C1到C8亚群分别有5、8、7、43、6、9、33和21个无性系。聚类分析与STRUCTURE模型分析的卡方检验表明两者的相关性呈极显著相关,同时两种不同的分类方法在大小类别上均存在一定的重合,说明分类的结果可信度较高。(3)132个西伯利亚杏无性系供试样本的73对SSR引物共检测到860个等位基因,平均等位基因数为11.836,分布范围为4-24。有效等位基因平均数为4.404,Shannon信息指数平均值为1.677。观测杂合度平均值为0.261,低于期望杂合度平均值为0.719。多态性信息含量平均值为0.690。73个基因座的最大等位基因频率分布在0.144-0.886之间,最小等位基因频率分布在0.004-0.061之间,表明供试样本的西伯利亚杏存在大量的稀有等位基因,种质资源丰富。(4)不同地理种源的遗传多样性大小依次为,辽西种源D1>内蒙古扎兰屯种源D3>内蒙古敖汉旗种源D2>俄罗斯种源D4>东北东部种源D5,遗传多样性随着热量分布的减少而变小。同时半野生类型Y1的遗传多样性大于野生类型Y2。(5)地理种源各亚类的近交系数平均值为0.576,这说明杂合子严重不足,纯合子大量过剩。固定系数的平均值为0.645,遗传分化系数的平均值为0.162。这表明位点间存在较大的遗传分化,有16.2%的遗传变异存在于群体之间。基因流的平均值为1.296,说明亚群体之间有基因的流动。分子方差分析(AMOVA)表明,西伯利亚杏无性系的遗传变异以群体内部的变异为主,群体间的变异远远低于群体内。上述结果为西伯利亚杏的开发与利用、群体遗传结构特征和遗传多样性的研究提供了理论参考。