十六届五中全会提出了建设社会主义新农村的重大历史任务。建设社会主义新农村意味着在加快经济发展的同时，也应该加快农村医疗保障等社会主义事业的建设，农村合作医疗的完善和重建是社会主义新农村建设的重要内容。改革开放前的农村合作医疗制度取得了辉煌成就，也在国际上产生了较大的影响，农村经济体制的改革，使得合作医疗失去了集体经济的支撑，导致了合作医疗制度的逐渐衰落瓦解，虽然现有的合作医疗取得了很好的效果，普及率也达到85％以上，农民因病致贫、因病返贫的问题也得到了一定程度的缓解，但是其存在的问题不容忽视，本文在对改革开放前和现有的农村合作医疗制度的优缺点分析的基础上，认为完善和重建合作医疗制度是必要的和可行的，明确了在制度重建的过程中的政府职能和政府角色定位，应遵循适度强制参与的原则，确定了农村合作医疗制度的目标和模式，最后进行了制度重建的公共政策创新，确认了政策的设计理念和制度创新的路径选择，使得农村合作医疗制度更加完善。