随着政府信息化的发展，政府办公自动化管理系统也得到了广泛的应用，但是由于传统管理模式的影响，办公自动化系统在应用的过程中存在公文拟定周期长、公文审批不即时、内部文件管理不规范等问题。严重的影响了政府办公效率。为有效解决政府办公存在的上述问题，本文在对政府办公自动化业务流程进行深入调研的基础上，重点分析了工作流理论在政府办公自动化业务中的应用，设计并实现了基于工作流的政府办公自动化管理系统。该系统主要包括用户管理模块、公文拟定管理模块、公文提交管理模块、领导审批管理模块以及系统设置模块。利用了用例图以及时序图对系统的功能模块进行了分析和设计，并且详细的设计出系统的数据流程和业务流程。在对系统的功能进行分析的基础之上，对系统的后台数据库进行了设计，给出了后台数据库的概念模型和具体的数据库表结构。最后，利用J2EE以及数据库技术对系统的所有功能模块进行了实现，并对系统的各个功能模块进行了测试，实现了工作流理论与政府办公自动化业务流程的融合。通过该系统的实际运行测试，切实提高了政府办公自动化工作的效率，并且对其他协同办公管理系统也起到了一定的借鉴作用和参考价值。