人类基因组结构注释数据库构建及数据可视化展示

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国际人类基因组计划首席科学家Collins明确指出基因组研究的下一个阶段是注释出基因组中的各功能元件。其中,了解基因DNA中的蛋白质编码基因及其内部结构,是了解基因组功能的首要核心问题。为此,对人类基因组蛋白质编码基因及其结构进行收集、整合和预测,建立人类基因组数据库系统,面向全世界公开发布注释的人类基因组结构注释数据成为目前各大生物信息著名研究机构的研制重点。对于人类基因组蛋白质编码基因及其结构数据的收集和获取而言,构建可靠数据集和提供相应的预测注释数据是该工作不可或缺的两部分。其中构建来源于实验方法的可靠数据集不仅可提供准确无误并具有相应支持证据的可靠数据,同时还可满足基因结构预测相关研究对数据集的需求;另一方面,基于生物信息学方面预测得到的基因组蛋白质编码基因及其结构数据将成为可靠数据的有益补充,适应基因组数据的迅速增长。建立了人类基因组结构注释数据库系统,存储和管理人类基因组蛋白质编码基因及其结构数据。通过理解人类基因组结构注释数据内容以及数据关系,详细的分析人类基因组注释系统关键的事务处理流程,利用关系型数据库设计方法设计了数据的存储模型,并根据数据对象的特点与应用的特殊性,采用了冗余备份的思想优化数据库的访问效率,并根据不同的数据变化方式,提出了相应的数据库扩展方法。对人类基因组蛋白质编码基因及其结构数据进行了web发布,实现了基因组结构注释数据的web浏览访问。采用了分层策略与“轨道”的显示方式可视化展示注释数据,并采用了SVG图形技术克服采用位图图片显示方法难于实现用户交互的问题。
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