近年来，公司治理研究表明，在世界上大部分国家尤其是新兴市场，企业的股权不是高度分散而是相对集中的。股权集中在少数大股东手中导致新一类代理问题产生：大股东侵害小股东利益。针对大股东对小股东的利益侵害问题，学者们主要从股权结构与公司绩效，盈余管理，股利政策，关联交易间关系进行研究，以直接揭示大股东侵害小股东的行为和方式。本文选取2003-2004年我国上市公司的关联交易为研究对象，分析其关联交易的主要发生对象及主要发生类型，并进一步与上市公司业绩进行回归分析，试图通过研究关联交易与公司业绩的关系，来检验第一大股东控制下的关联交易如何影响我国上市公司业绩，大股东通过哪些关联交易侵害中小股东利益，进一步为大股东与小股东之间的代理问题提供证据。分析结果表明：(1)上市公司关联交易的主要发生对象为其第一大股东。虽然第一大股东持股比例越高越容易发生关联交易，但从发生关联交易的相对金额来看，第一大股东持股比例越小，发生的关联交易金额越大；(2)销售商品、股权转让、股权受让、提供资金、资产置换类关联交易损害财务业绩的同时提升了市场业绩。购买商品与公司净资产收益率呈显著的负相关关系，与Tobin Q呈不显著的负相关关系；(3)总体上而言，上市公司与其第一大股东的关联交易直接损害了上市公司的财务业绩；(4)进一步研究显示，第一大股东持股比例在30％以下的样本组，其第一大股东通过关联交易直接损害公司的财务业绩。而第一大股东持股比例在30％以上的样本组，其关联交易总额与净资产收益及市场指标Tobin Q的相关关系都不显著。