随着电子商务在全球的快速发展，传统税收征管模式与现行税收制度，已难以适应新的贸易网络化模式的客观需要，造成了各级政府在线电子商务税收的大量流失，从而需要更新在线电子商务税收征管模式。由于电子商务中信息流、资金流分离的客观情形，致使现行电子商务税收征管模式研究呈现以控制“信息流”和以控制“资金流”为主要倾向的两种思路。论文从资金流控制的角度对电子商务税收征管模式进行了研究与设计。首先从理论上较全面和较系统地对我国电子商务税收征管模式进行了研究。根据电子商务税收征管的基本特点与难点，强调以控制电子商务税收的“资金流”作为进行税收征管模式改革的关键基础，构建我国在线电子商务税收征管系统的基本模式结构。其次从技术实现上提出了由税务机关的电子税控中心向支付方全面扣缴税款的模式，并通过相关配套电子商务税收制度，在税收征管中运用高新技术实现税收征管模式的技术创新，从而有效保障在线电子商务税收的全面征缴。并在电子商务税收征管过程中较好地使属人与属地原则有效结合，从而避免国际国内电子商务税收的双重征税和避税，在有效维护国家税收权益的同时保障纳税人税赋公平，以实现电子商务税收的全面征缴。论文借鉴国际先进的税收征管理论和实践经验，并结合我国税收征管的基本国情，提出了资金流控制的电子商务税收征管的设计思路，并对税收征管稽查设计、安全保障机制和相关的配套政策进行了详细论述，形成了有一定系统性与创新性、前瞻性与现实性相结合的电子商务税收征管模式框架。