基因导向的个体化用药需要一次测定多个与药物相关的SNP位点,而目前常用的方法大多一次只能检测一个位点。基因芯片能够实现高通量的SNP检测,但现有基因芯片往往存在样品制备通量低、需要位点特异的荧光标记探针和位点特异的杂交探针、操作繁琐、通用性差、检测成本高、易污染等缺点。本论文针对基因芯片存在的上述问题,创新性地将多重核酸侵入反应与基于碱基序列条形码（zipcode）编码的通用芯片技术相偶联,利用多重核酸侵入反应识别SNP位点并信号放大核酸模板,产生SNP特异性zipcode,再将产生的zipcode与基于连接反应的通用芯片杂交,最后利用公用荧光探针对所有SNP位点进行检测,最终建立了一种基于信号扩增,且荧光标记探针和杂交探针均为通用的低成本SNP检测芯片,实现了无交叉污染、廉价和高通量地检测个体化用药相关SNP位点的目标。本论文首先通过对芯片修饰条件的优化,点样液的筛选,点样探针浓度和杂交温度的优化,建立了基于碱基堆积杂交和公用荧光探针的通用芯片,并实现了对zipcode的特异性检测。但碱基堆积效应作用力较弱,在核酸侵入反应的下游探针大量存在时,难以产生信号。在此基础上,通过筛选连接酶种类,优化连接酶用量、反应液离子浓度、杂交温度、杂交时间等因素,建立了连接反应介导的通用检测芯片,该通用芯片的检测限能达到2 pM的zipcode片段,并具有良好的特异性,能区分碱基缺口和连接位点附近5个碱基以内的单碱基错配。之后,进一步将核酸侵入反应与连接反应介导的通用芯片相偶联,通过合理设计与筛选zipcode,并优化核酸侵入反应体系的组成、反应时间、下游探针浓度、上游探针浓度、AfuFEN1酶量等因素,实现了一步核酸侵入反应与通用芯片的偶联,能够检测到105拷贝的待测模板,并能特异性的区分核酸侵入反应切割位点附近的突变碱基。然而,一步核酸侵入反应偶联基于连接反应的通用芯片无法实现对基因组DNA直接检测,需要进一步提高检测灵敏度。因此,首先尝试了两步核酸侵入反应与基于连接反应的通用芯片偶联,未能提高灵敏度,后又利用一定循环数的多重PCR来增加核酸侵入反应的模板数和对基因组DNA进行片段化,建立了基于多重PCR预扩增和多重核酸侵入反应的通用SNP检测芯片,通过进一步优化zipcode的长度、扩增循环数以及核酸侵入反应下游探针浓度,使所建立的方法能够通过单管PCR扩增和单管核酸侵入反应,同时检测基因组DNA上的14个SNP位点。对20例临床血液标本的14个与个体化用药密切相关的SNP位点的检测结果与sanger测序结果完全一致,表明本方法具有良好的准确性,并能应用于临床样本的检测。本论文建立的基于多重PCR预扩增结合基于多重核酸侵入反应的通用SNP检测芯片,由于其单管多重检测、预扩增循环数少不易污染,且芯片的杂交探针和荧光标记具有通用性,能有效解决现有基因芯片中存在的样品制备通量低,易污染,需要特异的荧光标记和位点特异的杂交探针等缺点,极大地降低了检测成本,简化了操作,满足了临床在进行个体化用药时常常需要同时对多个基因,多个SNP位点进行检测的需求,为临床基因导向的个体化医疗提供一种有力工具。