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细柱藻属(Cylindrotheca)是海洋硅藻中一个较小的类群，目前仅有少数几个种被描述。新月细柱藻(Cylindrotheca closterium(Ehrenberg)LewinetReimann)是胶州湾常见的底栖硅藻种类，也是双壳类养殖的重要饵料生物。C.closterium与其它海洋硅藻相比，其鉴定工作存在诸多问题，也极易和长菱形藻(Nitzschia longissima、)混淆。
本研究建立了采自胶州湾的12株大小存在差异的底栖硅藻单克隆培养体系，其中11株经鉴定确认为C.closterium,1株确定为弯端长菱形藻(N.longissimavar．rversa Grunoow)。我们对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的 rbcl基因进行了克隆和测序。序列分析表明，11株C.closterium的SSU rDNA基因和rbL基因存在很大的序列变异：1775bp的SSU rDNA基因扩增片断中有31个变异位点；1190bp的rbcL基因扩增片断中存在118个变异位点，其中108个变异位点为密码子的第三位碱基。依据rbcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异明显小于核苷酸变异。弯端长菱形藻SSU rDNA和rbcL基因扩增片断分别长l777bp和1190bp，与新月细柱藻序列差异很大。
分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接(Neighbor joining，NJ)系统发育树将11株C.losterium分成相同的六个分支(clade)。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支，将弯端长菱形藻与其它菱形藻种类聚为另一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为两个明显的支系(lineage)：支系I由12株C.closterium组成，包括本实验分离到的全部11株C.closterium，该支系中部分节点没有得到较高的支持率(<50％)；支系Ⅱ包括两株C.closterium和一株Cylindrotheca fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成两个支系，11株C.closterium组成一个支系，系统树中每个节点均得到很高的支持率(>70[％])。统计分析表明，支系I中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度，差异极显著(P<0.01)。上述分析结果证实C.closterium实际上是一个种复合体(species complex)，可以被细分为若干个种。
此外，我们为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种，设计了海链藻目特异引物，扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目SSU rDNA基因片断。随机测定10个序列，其中4个与海链藻属的Thalassiosira concaviuscula的完全相同，其余的均可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻SSU rDNA基因片断。