基于Gene Ontology和蛋白质互作网络特征优选药物敏感性基因

来源 :哈尔滨医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ah51616
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
药物治疗是一种常用的肿瘤治疗方法。对同一类型的肿瘤患者,相同抗癌药物的治疗效果存在差异,有些患者对药物敏感,而有些患者对药物存在耐药性。因此寻找生物标记来预测癌症病人对药物的反应具有重要意义。药物敏感性基因就是这样的一种生物标记,它的表达可以预测癌症患者对某种抗癌药物的敏感性。  本文基于基因的GO功能信息和蛋白质互作信息提出一种识别药物敏感性基因的新方法。首先,我们从已有的492篇文献中挖掘出150对药物和药物敏感性基因关系对,对这些药物敏感性基因进行GO的功能分析和蛋白质网络特性分析。经过基因的GO功能分析,我们发现这些基因富集的GO功能大多与药物敏感性相关,且这些富集的GO功能之间的相关性高于随机基因富集的GO功能。此外,我们发现已知的药物敏感性基因在蛋白质互作网络中发挥重要作用-它们维持蛋白互作网络的结构、控制蛋白互作网络的信息传递。通过这些发现,我们利用已知药物敏感性基因富集的GO功能和网络特征对初始的药物-药物敏感性基因网络进行筛选。最终我们得到一个药物一药物敏感性基因的数据库,包含53个基因,其中32个基因被报道能影响药物的敏感性。  我们的方法不仅能识别出表达强相关于药物活性的基因,同样还能找到表达弱相关于药物活性的基因。此研究为药物基因组研究人员提供了一个非常有意义的数据库,并且为个性化给药和靶向治疗提供了理论支持。
其他文献
由于GPS/GSM/3G/WLAN 等通讯技术的发展,对低成本、高精度、高稳定、集成化晶体振荡器的需求迅猛攀升。全集成片上数控晶振(Digitally Controlled Crystal Oscillator ,以下
I.虎杖查尔酮合酶基因克隆、定点突变与功能分析  查尔酮合酶(Chalconesynthase,CHS)是研究得最为广泛的一类植物Ⅲ型聚酮合酶(typeⅢpolyketdesynthase,typeⅢPKS)。它能催
射频识别技术(Radio Frequency Identification, RFID)是一项利用射频信号和空间耦合传输特性来完成识别功能的非接触式自动识别技术。由于RFID操作简单快捷,且无需人工干预,
本文设计了一个基于Σ-Δ调制下的音频输出系统,具体提出了从数字到模拟的设计过程和电路实现过程以及仿真的结果,整个过程自上而下的设计方法,设计和实现了一个基于Σ-Δ的
本文设计了一种基于MV-05 MCU IP核的单芯片多处理器架构。针对复杂的机器视觉系统中,图像处理要运用到大量算法和不同应用环境需要动态的调整硬件配置的的特点,使用多个MCU并
目的:SEI-1是一个近年来发现的新的癌基因,定位于19q13.1,该区域是卵巢癌,乳腺癌,肺癌等恶性肿瘤的常见染色体高扩增区。双微体是基因扩增的主要遗传学标志,常携带癌基因,并与衰老、
脂联素(adiponectin,APN)是脂肪组织特异产生的外分泌蛋白,其与肥胖、胰岛素拮抗综合征密切相关,并且具有抑制炎症等重要作用。髓系来源抑制性细胞(myeloid-derivedsuppressorce
子痫前期是特发于人类的妊娠期多系统综合征,在全球范围内的发病率约为5%-10%;其临床表现主要为妊娠20周以后突然发生的高血压和蛋白尿等症状,并伴随有多脏器的损伤,是目前产科临床
随着IEEE802.11无线局域网的颁布,W-F接入Internet的方式很快遍及了校园、家庭和机场等场所。作为无线局域网射频接收机的重要组成部分,电感电容压控振荡器(LC VCO)设计受到了
随着高清数字电视和移动多媒体终端的不断涌现,视频处理正以市场为向导,朝着多元化的方向发展。作为缩短新型视频处理算法和芯片研发周期的有效手段,本论文为相关视频处理算法构