随着知识经济在社会发展中的作用越来越大,科学研究工作逐渐受到更多的关注,科研经费投入随之增加,对科研经费的管理工作也提出了更高的要求。就学术研究领域而言,强化科研经费的使用和实行预算绩效管理是现在讨论热度很高的两个话题。科研主体对于经费的使用既要符合各项国家政策要求,又要合理节约、优化产出,同时还要接受人民的监督,这样探寻一种更为先进的经费管理方法迫在眉睫。预算绩效管理是一种以结果为导向的预算管理新模式,将这一理念应用于科研经费管理过程,为衡量科研经费使用的效益性、经济性提供了一种可供参考的解决方案。目前绩效管理的理念并没有完全融入科研经费财务管理的过程中。本文在研究的过程中,先是对预算绩效管理的相关理论进行阐述作为后续研究的理论基础,接下来调查我国科研经费管理的现状,识别其中存在的问题并分析成因,同时借鉴国外科研机构在经费管理方面的实践经验,尝试制定符合我国科研经费管理实情的预算绩效评价体系和方法,并且本文以S研究所为对象进行了案例分析,对文中构建的科研经费预算绩效管理体系的有效性、适用性进行了论证。通过全文论述得出以下结论:一是将预算管理与绩效管理同时运用到预算绩效管理过程中,顺应了预算管理的发展要求。将绩效管理的理念、方法和手段引入到预算管理的实践中,实现二者的有机融合,从而提高预算支出效率、提升预算管理水平,是预算管理从规范性向效益性发展的必然要求。二是在科研经费预算绩效管理过程中,无论是从事前绩效评估、事中持续跟踪监控还是事后的结果运用与反馈都应注重全过程预算绩效管理机制的应用,这有利于科研经费预算的科学化、精细化管理。三是实行预算绩效管理是一种创新型举措,实施过程要特别关注对关键问题的处理与分析,制定科学的、合理的绩效目标和评价体系,同时做好过程跟踪与绩效评价工作,不断推进我国科研经费预算绩效管理工作向前发展。