中国要转变经济增长方式,必须通过创新提高本国技术和产品的国际竞争力。高新技术产业是我国乃至世界创新的主体。我国高新技术产业园区众多,但高新技术产业水平参差不齐,有必要对我国高新技术产业技术创新的总体水平进行评价。本文从有关技术创新的基础经济理论和中国高新技术产业技术创新的发展现状出发,采用数据包络分析方法,利用2003～2007年全国高新技术产业的投入产出数据,对全国各个地区及各行业的技术创新效率进行了总体评价；并用TOBIT模型分析全国的、东、中、西部地区的技术创新效率的影响因素。实证分析的结果显示：我国技术创新效率整体水平偏低,区域间的差异也比较大。TOBIT模型回归结果表明：各地区的工业化水平、科学家和工程师数占科技活动人员总量的比重与我国整体的高新技术产业技术创新效率有显著的正相关关系；全国的及东部、中部地区的创新扩散与创新效率也有显著的正向关系；东部和西部地区的科技活动中的企业投入资金对技术创新效率有显著的正向作用,要加大企业自有资金的科技投入但要严防固定资产投资和效率相背离的现象。针对实证分析的结果,文章结论部分提出了为提高我国高新技术产业技术创新效率要进一步扩大市场自由度,用市场的力量来调配资源,提高资源的利用率；增强区域互动,发挥“技术扩散”作用,加强立法保护知识产权,发挥“人”的主观能动,为促进科技成果转化提高技术创新的效率提供充裕的资本；建立可操作性强的技术产权交易市场、高新技术产业化成果交易市场,通过市场带动交叉学科人才的流动、高新技术间的互相支撑使得创新的要素结合达到最优,促进整个产业技术创新效率的提升。