随着社会的进步和农业的发展，影响农业产业发展的因素，不再是以技术为中心，以产量为目标，而是上升到农业创新系统维度，关注与之对应的产业价值链是如何进行有效衔接以及涉及的相关利益群体之间的沟通与互动，存在冲突以及冲突的缓解，以促进产业的更好发展。　　在此背景下，研究选取吉林省双阳区S村的稻鸭共作农业创新系统为研究载体，采用非结构式访谈法和参与观察法等实地调查法，收集研究所需资料，并根据收集的资料分析得出，双阳区 S 村的农业创新系统在发展过程中不同利益群体之间存在着社会冲突的问题。　　通过对不同利益群体的冲突分析，研究将S村创新系统中不同利益群体的冲突分为组织内冲突，即农民与农民之间的冲突、农民与合作社的冲突，组织外的冲突，即合作社与市场的冲突、合作社与推广者的冲突等。　　根据研究得出，该村的稻鸭共作创新系统运行过程，引起冲突的原因主要是利益分配的不平衡，不同角色之间的思想观念不同以及市场的变化等。根据研究确定的冲突，提出通过协调各方的利益分配，加强沟通，随时关注市场变化，及时调整价格与发展思路等建议，以促进稻鸭共作创新系统的进一步发展。