绵羊GPR54、LIN28、LIN28b和SCD基因多态性及生物信息学分析

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滩羊、小尾寒羊、湖羊、萨福克羊和德克塞尔羊均是肉、裘兼用的优良绵羊品种。GPR54、LIN28和LIN28b基因的作用是调控绵羊繁殖性能和生长速度;SCD基因的作用是调控绵羊脂肪沉积,影响肉品质。分析这四个基因的多态性,并结合生产数据筛选优良基因,继而提高绵羊养殖的经济效益。对基因进行生物信息学分析,为提高绵羊繁殖性能、加快生长发育速度和提高肉品质奠定理论基础。以5个品种的250只绵羊为研究对象,应用PCR-SSCP技术检测四个基因的多态性。利用GenBank数据库和各种分子生物学软件,对四个基因进行生物信息学分析,预测其编码产物的理化性质、结构与功能。结果表明:1.GPR54基因出现1处突变位点,位于第2内含子的g.2958-24C>A颠换。2.LIN28基因出现2处突变位点,分别位于第1内含子的g.111+70C>G转换和第4外显子的g.46A>G同义突变。3.预测GPR54基因编码产物的开放阅读框长1137 bp,编码378个氨基酸残基,为疏水性跨膜蛋白,无信号肽存在,二级结构为Mixed型,主要在内质网上发挥生物学作用,在离子跨膜与信号传递过程中发挥重要作用。4.预测LIN28基因编码产物的开放阅读框长630 bp,编码209个氨基酸残基,为亲水性蛋白,无跨膜区域存在,无信号肽存在,二级结构为Mixed型,主要在细胞核内发挥生物学作用,在DNA转录和刺激细胞生长活性过程中发挥重要作用。5.预测LIN28b基因编码产物的开放阅读框长759 bp,编码252个氨基酸残基,为亲水性蛋白,无跨膜区域存在,无信号肽存在,二级结构为Mixed型,主要在细胞核内发挥生物学作用,在DNA转录、刺激细胞生长活性以及调节机体免疫力过程中发挥重要作用。6.预测SCD基因编码产物的开放阅读框长1080 bp,编码359个氨基酸残基,为亲水性跨膜蛋白,无信号肽存在,二级结构为Mixed型,主要在内质网上发挥生物学作用,在离子跨膜与信号传递过程中发挥重要作用。
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