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高粱是世界上重要的粮食作物之一。胚乳是籽粒中重要的营养物质储存场所,占籽粒体积的80%。基因印记是一种经典的表观遗传学现象,其表现为一类基因的等位基因的特异性表达依赖于亲本来源的控制,主要发生在胚乳里,对胚乳的发育具有重要的影响。基因印记不仅包括蛋白编码基因,还包括非编码RNA。长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200bp,且不具有蛋白编码能力的非编码RNA,其在生长发育、分子调控等许多生物学过程都发挥着重要的作用。目前,lncRNA已经在许多物种的基因组中被挖掘和鉴定,但是对具有印记状态的lncRNA的鉴定却少有报道。本研究收集了高粱自交系BTx623和Y49授粉后14天的正反交胚乳的RNA-seq数据,利用Genome-guided的方法,对高粱授粉后14天胚乳中的lncRNA及具有印记状态的lncRNA进行了全基因组范围内的鉴定,并对鉴定到的lncRNA及具有印记状态的lncRNA的特征及其在不同组织中的表达情况进行了分析,主要结果如下:1.根据转录本的长度、蛋白编码能力以及表达丰度等特征,采用严格的筛选标准对高粱中潜在的lncRNA进行全基因组的鉴定,一共鉴定到了4,388个lncRNA位点(5,310个转录本)。其中具有印记状态的lncRNA共筛选到44个,偏好母本表达的印记lncRNA 44个,未鉴定到父本表达的印记lncRNA。2.根据lncRNA与已注释基因的位置,我们对lncRNA进行了分类,其中29%落在基因间区的长链非编码RNA(Intergenic lncRNA),61%与基因重叠的长链非编码RNA(Genic overlapped lncRNA),10%为反义链长链非编码RNA(Antisense lncRNA)。其中鉴定到的印记lncRNA落在基因间区的长链非编码RNA有27个,与基因重叠的长链非编码RNA有14个,反义链长链非编码RNA有3个。3.lncRNA在基因组内的分布较均匀,但1号染色体相比于其他染色体而言,平均密度较大。印记lncRNA在基因组内的分布也较均匀。4.高粱胚乳中lncRNA转录本外显子平均数为3个,长度平均为1017bp。印记lncRNA转录本外显子平均个数为3个,长度平均为1007bp。5.在所有鉴定到的lncRNA中,一部分表现为组织特异性表达,其在某些特定组织中表达丰度较高,在其他组织中几乎不表达,另一部分为组成性表达,一般在许多组织中都呈现一种低丰度的表达。而在印记lncRNA中,73%在胚乳中表现出很强的组织表达特异性。综上所述,本研究不仅能对高粱高产的辅助育种提供参考,还可以进一步丰富人们对于禾本科植物中印记lncRNA的认识。