保加利亚乳酸杆菌是一种常见的存在于发酵食物或饮料中的革兰氏阳性细菌。这种细菌在以酸奶酪为主的发酵中起着非常重要的作用,对这种细菌的全基因组进行测序将有助于人类更全面、更深入地认识其生理特点和发酵机理,最终为人类对其的改良提供很好的帮助。 本课题采用“全基因组鸟枪法”(Whole-Genome-Shotgun)对保加利亚乳酸杆菌2038株进行全基因组测序。因为本课题是一个巨大的工程,不可能由一个人单独完成,所以我在本课题中只参加了部分文库构建和缺口补平的工作。Shotgun测序过程需要构建小片段(1.6-4kb)和大片段(6-8kb)两个不同的测序文库。首先选取1.6-4kb长度的片段克隆入pUC18/SmaⅠ/BAP载体构建小片段文库,后选取2-3kb长度的片断克隆入低拷贝载体pSMART-LC中构建小片段文库,再选取6-8kb长度的片段克隆入低拷贝载体pSMART-LC。 在大规模测序由工作组的其他成员完成后,所有序列经phrap组装后,Contig之间的缺口有120个,序列缺口的填补是通过在相应Contig的末端设计外延性引物,以跨越而过的质粒为模板直接进行测序,物理缺口的填补则有所不同,首先需用PCR方法扩增出这些区域的DNA片段,然后再对PCR产物测序后进行填补。最终得到了完整的一条环状染色体序列,长1,872,907 bp,复制的起始点定位于开始测序的第一个碱基。