RNAshell~?生物样本保存评估及自主RNA室温稳定剂初步研究

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随着精准医学、转化医学等以人类生物战略资源为主要资源需求的学科的兴起和发展,近年来国内外样本库的建设规模和数量在逐渐扩大。如何更有效地长期绿色保存生物样本越来越受到关注,目前国内外生物样本库中RNA样本保存主要是依赖于在超低温储存设备,但超低温储存设备不仅费用昂贵,对于节约能源和环境保护也带来消极影响,同时超低温储存设备随时有断电风险,一旦任何一个环节发生故障,就会影响RNA样本的质量。故目前深圳国家基因库以及生物样本库急需一套绿色环保的RNA保存方案。而室温保存技术的发展为RNA样本的保存提供新环保且安全的途径。目前,已有商业化的RNA室温保存产品,如RNAshell~?,RNAstable~?,Integen X~?等,用于保存RNA样本。本研究针对RNAshell~?的稳定性及有效性进行评估,以期为国家基因库以及生物样本库RNA样本长期保存提供简便、经济适用的方法。研究通过加速降解处理(相当于室温保存2年、4年和10年)和实时保存(4年)两个部分评估RNAshell~?稳定性,统计分析RNA回收率、纯度以及完整性。结果表明,尽管RNAshell~?样本RIN值有减少的趋势,但其质量均可满足于下游分子生物学研究要求,并通过RNA-seq测序进一步评估RNAshell~?中的专利稳定剂对高通量测序分析研究的影响。结果显示所有样本clean reads%均在95%以上,其Q20>97%,Q30>92%且GC含量稳定,RNAshell~?保存RNA样本均可长期保存且对于下游高通量测序研究无显著性影响。然而商业化的RNAshell~?虽然可满足生物样本库长期室温保存的需求,但其成本相对较高,仅在RNA保存量在十万级至百万级以上且RNA不间断保存11至16年后RNAshell~?保存成本方显现优势。故本研究进一步从低成本长期保存需求出发,在RNAshell~?评估项目基础上,自主配置10种室温稳定剂,检测不同处理组对比RNA样本的保护效果。结果显示,室温稳定剂2(1%SDS、2×RNAsecure及20%海藻糖)冻干状态对RNA降解具有有效的保护作用(RIN值在9~7.4之间),其保护效果最接近传统超低温保存,可室温保存长达28天,室温稳定剂2冻干保存方法可作为产权成本自主可控的有效RNA室温保存方法,实现降低保存成本、保障样本质量及节能环保。本研究对RNAshell保存RNA的性能评估对国家基因库和生物样本库RNA长期绿色保存提供了参考依据,并提供了几种自主研发的RNA暂时保存候选试剂。
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