随着各国金融竞争的不断加剧,具有知识产权属性的金融产品成为各国金融机构的重要研发对象,其中,拥有核心技术的金融商业方法更是受到各方的重点保护,虽然它的保护形式和保护途径仍具争议。十多年前花旗银行在我国进行专利布局引起了国内司法行政部门和金融机构的警醒,这推动了我国金融商业方法专利保护工作取得一定进展,但通过与发达国家和国外金融机构的比较来看,国内的金融商业方法专利保护仍处于较低水平,这既与国内金融机构的专利研发意识不强、专利保护态度淡薄有关,又与我国司法界和行政部门对于金融商业方法的模糊界定和严格审查有关。因此,本文首先通过理论分析来研究金融商业方法产生的根源,以便为其合法合理存在找到理论依据。在此基础上,通过数据检索分析了国内金融行业的商业方法专利保护现状,对银行业、保险业和证券业的专利申请与授权情况进行了检索统计。进一步研究了美国金融商业方法的保护历史和现状,分析了其司法部门、行政主管部门和金融机构对于金融商业方法的态度和行为,明确指出了在司法与行政层面难以对金融商业方法进行明确定义的根本原因在于金融创新形式和内容的不断变化与发展。通过中美银行业对比、中美典型金融机构对比和典型金融商业方法专利的对比分析了我国在金融商业方法专利保护方面的不足,从完善法律法规、优化行政审查和实施企业专利战略三方面提出了我国金融商业方法专利保护的对策。本文主要的研究结论和成果有：(1)对金融商业方法的内涵进行了总结梳理,并明确指出了其在新形势下的界定。(2)从内生增长理论、交易成本理论和规避管制理论三种学说分析了金融商业方法产生的根源,探析了金融商业方法可专利化的理论基础。(3)分别对国内银行业、保险业和证券业金融专利申请与授权情况进行了检索统计,指出了中资机构在保险业和证券业上专利研发与保护工作的不足,并重点比较分析了国内中外银行金融机构的专利申请与授权情况。(4)通过对美国金融商业方法的保护历程进行总结与分析,针对我国金融商业方法专利保护的不足,从完善法律法规、优化行政审查和实施企业专利战略这三方而提出了对策。(5)通过中国工商银行和花旗银行研发的典型商业方法专利的对比研究,指出了外资金融机构的专利战略倾向和优势,简要分析了中资金融机构在金融商业方法专利研发方面的倾向和不足。