头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是最常见的一种头颈部肿瘤。随着高通量测序技术的高速发展,在基因层面进行了大量的癌症相关研究,发现基因的差异表达和DNA甲基化修饰的改变在肿瘤的发生发展过程中起着非常重要的作用。研究表明在HNSCC患者中,HPV阳性患者的总生存时间和无瘤生存期普遍较HPV阴性患者更长。本文基于TCGA数据库中HNSCC的RNA-Seq数据、450k甲基化数据、患者临床信息,结合Lawrence,Michael S的HNSCC相关研究结果,由此得到TCGA中有确定HPV状态的HNSCC患者信息,根据这些患者ID从总数据中提取出本文研究所需HPV相关患者的数据。利用转录组数据筛选差异表达基因,使用Cox回归分析、与原癌基因和抑癌基因取交集、Kaplan-Meier分析的方法,筛选出7个与患者生存显著相关的基因。利用DNA甲基化数据筛选差异甲基化位点,使用Cox回归分析、Lasso回归分析和Kaplan-Meier分析的方法构建了一个由15个差异甲基化位点组成的预后模型,该模型的性能评估结果良好（AUC=0.787、0.79、0.796）。并将筛选得到的7个预后相关基因和15个预后相关位点联系起来,研究两者间的相关性,发现它们有着相似的特征变化模式。根据特征模式分析,认为它们可能是导致HPV阳性HNSCC患者优良预后的因素之一。最后,利用加权基因共表达网络将基因按照表达模式聚类分成19个模块,对其中3个与HPV状态显著关联的模块,依据HPV状态分组、选取各模块中DEGs或与DEGs高度相关的基因、构建蛋白质相互作用网络,对每个模块中HPV阳性与HPV阴性网络中基因间的连接及功能分析。结果表明各模块的HPV阳性网络中都包含更多模块基因,且基因间有着更紧密的连接和更相似的功能,并得到了HPV阳性与HPV阴性网络之间的关键差异基因。本文的研究可能对了解不同HPV状态下基因的表现模式,以及HPV阴性HNSCC患者生存的靶向治疗研究存在潜在意义。