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MicroRNA也称为miRNA，是一类长度约为20-24nt，由内源基因编码的单链小分子非编码RNA。植物中，miRNA通过与mRNA以近乎完全配对结合，从而降解mRNA，是一种很重要的转录后表达调控因子。MicroRNA参与调控植物一系列重要的生命过程，包括生长发育、细胞增殖、细胞凋亡、细胞分化、植物开花等。大多数情况下，miRNA都被注释为一条特定的序列，然而许多的miRNA都具有长度不同或者碱基序列不同的变体，称之为isomiRs，其中数量最多的就是3isomiRs。 这些isomiRs开始被认为是由于实验误差所造成，但是近来很多平行实验和计算机算法已经证实在多个物种中isomiRs是真实存在的，其出现的频率远高于二代测序的误差率。并且，isomiRs能够与RISC以及翻译复合体相互作用，说明isomiRs能够发挥调节mRNA的作用。动物和植物中的研究已经证实，3端碱基A添加能够增加miRNA的稳定性，而3端U碱基添加则会促进miRNA降解。然而，水稻miRNA3端C碱基添加和它们的功能却极少有人注意到。 我们通过生物信息学方法分析水稻(Oryzasativa)smallRNA测序数据发现，水稻miRNA有着大规模的3端C添加，不仅平均丰度要高于3端A添加，而且在不同的组织中有着不同的表达量。为了证实水稻miRNA的3端C添加是真实存在的，我们收集了水稻oshen1以及其同源基因waf1沉默突变后的smallRNA测序数据，分析结果显示水稻miRNA在没有甲基化保护的情况下，其3端C添加会显著上升，并且深度与3端A添加基本持平，由此证明3端C添加是真实的miRNA转录后加工过程。其后，我们计算了miRNAlocus读数和这个miRNAlocus上3端C添加读数之间的相关系数，发现一部分miRNAloci容易被3端C添加修饰。并且，我们通过分析水稻AGOIPsmallRNA测序数据发现3端C添加的isomiRs能够在AGO4蛋白上面富集，说明3端C添加具有一定的生物学功能。最后，我们将容易被3端C添加所靶标的miRNA以及它们的3端C添加isomiRs做了靶标预测，并对预测出来的靶标进行GO富集分析，发现3端C添加对水稻的生长发育有着潜在的功能。