自从安芬森的蛋白质变性-复性实验以后,人们广泛接受了蛋白质三级结构是由其一级序列决定的理论,然而到目前为止,序列决定结构的具体机理我们仍然不是很清楚。同时多序列比对的经验告诉我们,当两个蛋白质的相似度达到30%以上时,那么它们很可能具有相似的三级结构。这个规则对于单个蛋白质或许同样也成立,即如果蛋白质内部具有相似的子序列,那么很可能形成相似的子结构。基于这两点,我们期望在对称蛋白的序列中能发现决定结构的隐含信息,选取具有优美对称结构的螺旋桨家族蛋白作为研究对象。本论文的工作主要有以下三点:首先,我们用相似性方法对研究对象做了一系列的分析,为了滤掉随机噪声的影响,考虑了统计显著性,置信概率设为95%,研究结果表明序列内部确实存在相似度很高的一些子片段,但是有些结果还不是很清晰。第二,用相似性方法给出的子相似矩阵的关联系数方法,能比较直观的揭示序列内部的重复片段,并可以清楚的给出相似子片段的边界。同时和另外两种方法(RADAR和TRUST)作了比较,研究结果表明我们的方法在寻找蛋白质的序列对称性上具有一定的优越性,对于解决蛋白质序列-结构的关系问题有一定的帮助,并且对蛋白质进化的复制机制可以提供证据。第三,由于在序列比对过程中考虑了蛋白质二级结构的信息,也就是把氨基酸序列简化为NP模型序列,在此基础上我们讨论了NP序列的随机性,同时对螺旋桨家族序列做了深入的分析,通过计算全原子的相互作用能量的给出了决定结构对称的关键氨基酸。