我国农户超小规模的生产经营与社会化大市场之间的矛盾,在相当长的一个时期内,是我国农业发展的一个基本矛盾。随着我国加入WTO,农村经济将不可避免地纳入经济全球化的轨道。大幅度提高农产品质量和农业的核心竞争力,有效增加农民收入已成为推动整个国民经济全面协调发展的重中之重。实现这一战略目标,必须解决在市场经济条件下,亿万超小规模经营的农户与日益扩大的市场之间的突出矛盾。这一矛盾集中表现为小农户与大市场之间交易费过高、交易效率低下。因此,进一步加强农民专业合作组织发展研究,提出促进其健康快速发展的若干制度创新设想,具有较强的理论和现实意义。本文阐述了合作社的本质规定性以及我国农民专业合作组织的三种主要存在形式,在学习借鉴制度经济学中制度变迁理论的基础上,从交易费用、制度激励、管理费用、社会功能四个角度对合作社制度的绩效进行分析,说明农民专业合作组织存在的客观性和必然性。我国农民专业合作组织的发展尚处在初级阶段,土地规模小、农民贫富分化、合作组织成员素质低、法律制度严重缺失以及意识形态等因素的影响,决定了我国农民专业合作组织发展现状。就农民专业合作组织内部组织制度来看存在的主要问题是:产权结构存在缺陷,治理结构和内部管理制度不健全,分配制度不完全符合合作制的本质要求。本文从合作社基本理论出发,就我国农民专业合作组织的主要表现形式及制度绩效展开研究,并针对农民专业合作组织现状和问题,结合我国新出台的《农民专业合作社法》对农民专业合作组织产权、内部管理制度及分配制度的相关规定,提出了完善农民专业合作组织制度创新的内容和措施,同时倡导应大力创新和优化外部政治、经济、文化、法律等制度环境,为农民专业合作组织的发展创造良好的生成条件。