论文部分内容阅读
本研究对分布于西藏雅鲁藏布江的黄斑褶鮡线粒体全基因组序列进行了测定和分析,同时构建鮡科鱼类的9属共15种线粒体DNA全基因组序列的系统发育树。此外,采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区为分子标记,对分布于雅鲁藏布大峡谷以上里龙段和以下墨脱段2个群体的黄斑褶鮡共60个样本进行遗传多样性研究,得出主要研究结论如下:1.线粒体全基因组研究黄斑褶鮡线粒体基因组序列全长为16 535 bp,A+T的含量为58.39%,G+C的含量为41.61%,具有明显的AT偏倚性。其基因结构和排列顺序与大多数硬骨鱼类一致,包含37个基因(13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和两个非编码区(O_L、D-loop)。其中NAD6和8个tRNA(tRNA-Gln、t RNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser、t RNA-Glu、tRNA-Pro)在L链上编码,其余基因在H链上编码。在编码蛋白质的基因中,起始密码子有2种(ATG、GTG),终止密码子有4种(TAA、TAG、TA-、T--),偏好密码子有34个。tRNA和rRNA基因可通过自身折叠形成二级结构,但rRNA基因相对比较保守。相比而言D-loop区变异性比较大。基于线粒体DNA全基因组序列构建鮡科(9属15种)鱼类的系统发育树,结果显示黄斑褶鮡位于基部,鮡属、异鮡属和纹胸鮡属均构成单系群,凿齿鮡属和原鮡属互为姐妹群,异鮡属和鮡属关系更为亲近。2.雅鲁藏布江黄斑褶鮡的遗传多样性选用线粒体基因组的Cyt b基因、D-loop区及将两者联合的方法共同分析黄斑褶鮡的遗传多样性,分别获得Cyt b基因和D-loop区有效序列长度1 060 bp和833bp。结果显示,里龙和墨脱2个群体的单倍型多样性值(Hd)均较高,核苷酸多样性值(π)均较低;高频率的单倍型1和单倍型2为2个群体所共享,推测为祖先单倍型;同时,存在于里龙和墨脱2个群体中的特有单倍型不共享;基于Cyt b基因分析,分子方差分析(AMOVA)显示遗传变异主要来源于种群内部,群体间遗传分化未达到显著水平,中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和核苷酸不配对(SSD、Hir)分析结果揭示,黄斑褶鮡种群未经历过种群扩张现象;基于D-Loop区和联合基因分析,分子方差分析(AMOVA)显示遗传变异主要来源于种群内部,群体间遗传分化达到显著水平,中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和核苷酸不配对(SSD、Hir)分析结果揭示,黄斑褶鮡种群曾经历过种群扩张现象。本研究推测,黄斑褶鮡2个群体间的基因流动存在障碍,雅鲁藏布大峡谷的海拔落差及水文情势等生态屏障可能是阻碍黄斑褶鮡迁徙和交流的主要原因。