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白及属(Bletilla H.G.Reichenbach)是隶属于兰科(Orchidaceae)的一种珍贵的药用植物;白及属植物分布广泛,在中国境内有四个种,分别是白及(Bletilla striata(Thunb.)H.G.Reichenbach)、华白及(Bletillasinensis(Rolfe)Schltr.)、黄花白及(Bletilla ochrfacea Schltr.)和小白及(Bletilla formooana(Hayata)Schltr.)。白及属四种植物具有很高的观赏价值和药用价值,由于人类过度的采挖与生境的破坏,白及属植物面临着灭绝的危险,亟需采取有效的保护。因此,本研究主要从以下三个方面研究为白及属植物的资源保护以及混伪品的鉴定提供理论依据。为了更准确的利用AFLP分子标记技术研究白及植物的遗传多样性,本论文从模板DNA用量、酶切与连接时间、预扩增产物DNA稀释倍数以及扩增结果的电泳等因素进行梯度分析,以构建白及属植物DNA最佳的AFLP反应体系。结果表明:500 ng的总DNA进行4 h酶切连接反应,从64对引物中选取4对最适引物,预扩增产物进行稀释10倍后利用4对荧光引物对其进行选择性扩增,最后用3500XL Genetic Analyzer测序仪对产物进行电泳和检测,用GeneMapper v.4.1进行片段分析,所得条带数比银染法多一倍。本论文利用构建的AFLP分子标记对10个居群的白及植物进行遗传多样性和遗传结构分析,为白及种质资源的保护和利用提供了可靠的理论依据。本研究从64对引物中选取4对最适引物对78份白及植物样品进行AFLP分析。结果表明:4对引物组合扩增出共计640条条带,多态性比例高达72.5%,遗传多样性指数H为0.1974。用AMOVA分析表明,9.88%的的遗传变异来自居群间,90.1%的遗传变异来自居群内,白及植物的遗传变异主要来自于居群内。为建立白及属药用植物适合的DNA条形码以鉴别白及属药用植物及其混伪品,本论文对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycfl基因进行扩增、测序及序列分析。结果显示,白及属物种nrDNA ITS和ycfl序列的种间变异(0.022-0.106和0.017-0.106)明显大于种内变异(0-0.012和0-0.015),NJ树也能准确的区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种。选用nrDNA ITS和ycfl构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品。结果表明,nrDNAITS和ycfl序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列。市场上“巨茎白及”的nrDNA ITS序列和ycfl序列与安徽六安白及亲缘关系最近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽“巨茎白及”归为白及属白及植物。