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复殖亚纲是物种多样性显著、生活史复杂的脊椎动物内寄生虫,全球记载有效编目包括有140多科、1000多属8000余种。我国淡水鱼类寄生复殖吸虫已记载20科35属110余种。我国淡水鱼类寄生复殖吸虫分类及编目研究亟待加强。本研究综合形态学和分子系统发育研究,对云南澜沧江水系(西双版纳和大理部分流域段)和金沙江水系曲靖德泽流域段鱼类寄生的复殖吸虫进行分类鉴定和系统发育研究。研究结果丰富了云南及我国复殖吸虫编目,初步呈现了采集水域复殖吸虫分子系统发育关系,为我国今后鱼类复殖吸虫的物种分布、寄生虫与宿主协同进化、寄生虫地理区系及种群生态学等方面的研究提供重要的科学依据。研究中共采集淡水鱼类3目11科24属27种289鱼,于长臀刀鲇(Platytropius longianalis),黄颡鱼(Pseudobagrus fulvidraco),鲶鱼(Parasilurus asotus),白甲鱼(Onychostoma sima),云南裂腹鱼(Schizothorax yunnanensis),小裂腹鱼(Schizothorax parvus),沼泽云南鳅(Yunnanilus paludosus),横纹南鳅(Schistura fasciolatus)和宽纹南鳅(Schistura latifasciata)9种鱼的消化道、精巢中检获复殖吸虫6科8属11种,包括新种6种:黄颡东肌吸虫(Orientocreadium fulvidraconis sp.nov.),版纳鲫吸虫(Carassotrema bannaensis sp.nov.),版纳棘吻吸虫(Telorhynchus bannaensis sp.nov.),曲靖外睾吸虫(Exorchis qujingensis sp.nov.),德泽异肉吸虫(Allocreadium dezeensis sp.nov.),牛栏江异肉吸虫(A.niulanjiangensis sp.nov.);1种地理分布新纪录种:O.pseudobagri;1种已记录种:印度东肌吸虫(O.indicum);以及3种未记录种:长臀刀鲇寄生拟前吻属未记录种(Prosorhynchoides sp.),横纹南鳅寄生尾睾属未记录种(Urorchis sp.),沼泽云南鳅寄生新斜孔属未记录种(Neoplagioporus sp.)。基于ITS 1-5.8S-ITS 2、5.8S-ITS 2 rDNA联合序列和28S rDNA部分序列重建了关于东肌属(Orientocreadium)、鲫吸虫属(Carassotrema)、棘吻属(Telorhynchus)、外睾属(Exorchis)和异肉属(Allocreadium)5个属复殖吸虫的系统发育关系。分子标记比对研究厘定了形态学上确定的6个新种和2个记录种。分子系统发育拓扑结构显示:(1)东肌科为斜睾总科中的一个独立的分类单元,与Leptophallidae亲缘关系近;黄颡东肌吸虫新种(O.fulvidraconis sp.nov.)可能为较为晚出现的物种且与印度东肌吸虫(O.indicum)亲缘关系近;(2)鲫吸虫属与Hapalotrema、Skrjabinolecithum亲缘关系较近;版纳鲫吸虫新种(C.bannaensis sp.nov.)可能是比朝鲜鲫吸虫(C.koreanum)更为原始的物种;(3)棘吻属隶属于前吻亚科(Prosorhynchinae),可能是前吻亚科中较原始的群体;(4)外睾属与Tabascotrema的亲缘关系较近;曲靖外睾吸虫新种(E.qujingensis sp.nov.)与洞庭湖外睾吸虫(E.dongtinghuensis)组成外睾属进化支。(5)德泽异肉吸虫新种(A.dezeensis sp.nov.)和牛栏江异肉吸虫新种(A.niulanjiangensis sp.nov.)以高自举值单独聚为一支,且与A.neotenicum和A.lobatum的亲缘关系较近;A.gotoi与Allocreadium sp.isolate C51可能为较原始的物种;异肉属吸虫可能存在异域性物种形成(allopatric speciation)和同域性物种形成(sympatric speciation)的现象。