十八届三中全会提出了以混合所有制改革方式为主的新一轮国有企业改革，在我国，农业科研院所投资企业的发展有着特殊的设立背景、发展历程和特点，这些企业也是国有企业的重要组成部分，新疆农垦科学院作为新疆兵团直属的省级农业科学院，伴随着国家科技体制改革政策的调整和变化，在投资设立企业、推动企业改革方面进行了广泛的尝试。本文以院投资企业及所属企业科神股份公司的混合所有制改革为研究对象，从分析院投资企业的发展现状出发，回顾了新疆农垦科学院投资企业混改的发展历程，阐述了混改的发展现状及特点，分析了院投资企业混合所有制改革的原因、重点及影响因素，提出了对院投资企业分类管理、分类混改的路径，对院所有投资企业进行了分类设计，针对分类提出了各类企业实施混合所有制改革的重点方式。并以院投资企业实施混合所有制改革的典型企业科神股份公司为例进行了评析，从回顾改革历程、总结改革的成效与问题角度进行了分析，提出了今后科神股份公司实施混合所有制改革的建议措施。通过本文的研究，希望能够对新疆农垦科学院及国家其他科研院所投资企业的混合所有制改革工作提供有益的借鉴。　　本文围绕新疆农垦科学院投资企业混合所有制改革，主要分为七个部分进行了论述。第一部分为绪论部分，对本文的研究背景、研究意义、国内外研究现状、研究思路和方法进行了简要分析，重点总结了国有企业混合所有制改革研究的基本理论，主要包括混合所有制改革的内涵、性质、动因、重要意义、路径、产权理论、公司治理等有关理论；第二部分为新疆农垦科学院投资企业混合所有改革历程与现状分析，主要阐述了新疆农垦科学院投资企业的混改历程、发展现状及特点；第三部分为院投资企业混合所有制改革的原因、重点及阻碍因素，主要分析了混改的内外部原因、重点任务和五个方面的阻碍因素；第四部分为新疆农垦科学院投资企业混合所有改革路径探讨，主要结合新疆农垦科学院投资企业的发展现状，提出对院企业进行分类管理、分类改革的路径，对院投资企业进行了分类设计，并分门别类的提出了相应的混改重点方式；第五部分为科神股份公司实施混合所有制改革评析，回顾分析了科神股份公司三次混合所有制改革历程，总结了在改革中取得的成效，阐述了混合所有制改革中出现的问题和产生的风险；第六部分为科神股份公司后期推进混合所有制改革的建议措施，从四个方面提出了科神股份公司后期混改的主要方向及措施；第七部分为结论和启示，对本文提出新疆农垦科学院投资企业混合所有制改革路径、对科神股份公司混改的实践及提出的建议措施进行总结，分析自身局限，展望未来研究前景，提出了四个方面的启示。