目前,绵羊分子标记辅助选择技术研究已取得长足进展,但相关研究主要集中在母羊多胎性状方面,针对公羊的研究相对较少,主要原因是公羊饲养数量少,难以满足研究群体数量需要。为此,本研究以4个进口品种的288只种公羊为试验材料,进行遗传多态性及关联性分析,旨在寻找与精液品质相关的分子标记,为种公羊科学利用及选育提高提供理论依据。(1)选择FSHR、LHCGR、MBL2、CD4、ID2等29个候选基因中29个主要SNP为研究对象,采用Sequenom Mass Array飞行时间质谱法分析SNPs在四个品种公羊群体中的多态性以及与种公羊精液原精液量、精液浓度、精子活力等11项指标以及阴囊周径等的关联性,发现:(1)在所选的29个SNPs中,只有5个位点在研究群体中得到确认,分别是:FSHR(rs398233545)、LHCGR(rs398733991)、MBL2(rs401909751)、CD4(rs403107881)、ID2(rs420477086)。其中前4个为错义突变,最后一个位于3′UTR区。(2)FSHR(rs398233545)在杜泊公羊群体中未检出。在萨福克羊、白萨福克羊和无角道赛特羊群体中均存在两种基因型(CC和CT型),优势基因型均为CC,基因型频率分别为:0.94、0.96和0.9;优势等位基因均为C,基因频率分别为0.97、0.98和0.95。PIC结果显示FSHR(rs398233545)在四个品种羊群体中为低度多态。性状关联性分析发现,rs398233545与四个品种羊的精液品质性状均无显著相关(P>0.05)。(3)LHCGR(rs398733991)在萨福克羊群体中未检测到。在杜泊羊和白萨福克羊群体中存在CC和CT两种基因型,在无角道赛特羊群体中存在CC、CT和TT三种基因型。优势基因型均为CC,基因型频率分别为0.97、0.89和0.9;优势等位基因均为C,等位基因频率分别为0.98、0.95和0.93。PIC结果显示,rs398733991在四个品种羊群体中属于低度多态。关联分析发现,在白萨福克羊群体中CT型个体鞭打频率显著高于CC型(0.01<P<0.05);CC型个体的线性度和前向性性状显著高于CT型(0.01<P<0.05);CT型个体的移动角度性状极显著高于CC型(P<0.01)。在其他三品种中,rs398733991与精液品种性状无显著相关性。(4)MBL2(rs401909751)在无角道赛特群体中未检测到。在杜泊羊、萨福克羊和白萨福克羊群体中,均检测到GG和AA两种基因型。在杜泊和白萨福克羊群体中,优势基因型为GG,基因型频率为0.98和0.82;优势等位基因为G,基因频率为0.99和0.88。在萨福克群体中,优势基因型为AA,基因型频率为0.62,优势等位基因为A,基因频率为0.59。PIC结果显示,rs401909751在杜泊和白萨福克群体中为低度多态,在萨福克群体中为高度多态。性状关联分析发现,萨福克AA基因型的原精液量显著高于GG型(P<0.05);在白萨福克群体中,AA型的鞭打频率和移动角度显著高于GG型(P<0.05)。在杜泊和无角道赛特中,不发现显著相关关系。(5)CD4(rs403107881)在杜泊、萨福克、白萨福克和无角道赛特羊群体中均发现GG、GA和AA三种基因型;优势基因型均为GG,基因型频率分别为0.96、0.51、0.8和0.42;优势等位基因均为G,等位基因频率分别为0.98、0.73、0.84和0.57。PIC结果显示,rs403107881在杜泊群体中为低度多态,在萨福克、白萨福克和无角道赛特群体中为中度多态。性状关联分析发现,在萨福克群体中AA基因型个体的阴囊周径显著大于AG型(P<0.05);在白萨福克群体中,GG型的线性度、移动角度和前向性显著高于AG型(P<0.05),AG型的精液浓度显著高于GG型(P<0.05)。在无角道赛特群体中,AG型的精液量和精液浓度显著高于GG型(P<0.05)。(6)ID2(rs420477086)在杜泊、萨福克、白萨福克和无角道赛特群体均存在CC、CT和TT三种基因型。其中,杜泊和萨福克的优势基因型均为CC型,基因型频率分别为0.44和0.55;优势等位基因为C,等位基因频率分别为0.66和0.71。在白萨福克和无角道赛特群体中,优势基因型为CT,基因型频率分别为0.54和0.62;优势等位基因为T,等位基因频率分别为0.54和0.5。PIC,四个品种均为中度多态。关联分析显示,杜泊CC型个体的精液浓度显著高于CT型(P<0.05);白萨福克CT和TT型个体的顶体完整率显著高于CC型个体(P<0.05)。在萨福克和无角道赛特群体中,未发现与精液品质的显著相关性。(7)单倍体型分析,发现在两种单倍体型C-C-G-G-C和C-C-G-G-T存在可能性最大;证实rs398233545和rs420477086可作为单倍体型的标签SNP。关联分析表明,C-C-G-A-C单倍体型与精液量减少和精子活力降低有关;C-C-A-G-C单倍体型可致精子平均路径速度降低。(2)测定种公羊血清7个重要生化指标(Ca、P、Mg、GLU、UREA、AST、ALT),分析与精液品质性状的相关性,主要结果为:(1)四个品种公羊血清生化指标中杜泊羊的血清Mg含量显著低于其他三个品种。(2)关联分析发现,血清中钙的含量与LIN和STR呈显著的负相关(r=-0.203,P=0.022;r=-0.197,P=0.026);血清磷与MAD呈显著负相关(r=-0.2020.P=0.022);血清镁与精子活力呈极显著负相关(r=-0.234,P=0.004);血清镁含量与VAP和ALH呈显著正相关。血清中AST的含量与精子活力呈显著负相关(r=-0.21,P=0.009<0.01)。综上所述,首次对公绵羊FSHR(rs398233545)、LHCGR(rs398733991)、MBL2(rs401909751)、CD4(rs403107881)、ID2(rs420477086)的群体遗传效应进行分析。rs398233545与种公羊精液品质性状无关;而rs398733991、rs401909751、rs403107881、rs420477086与种公羊部分精液品质性状有密切关联,可能公绵羊育种中的分子标记。至于所研究的SNPs与公绵羊血液生化指标的影响正在分析中,血清生化指标与精液品质的影响对种公羊的选育也有参考价值。