生物质能资源作为环境友好型的可再生能源，已经成为新疆能源开发利用的重要组成部分。在新疆发展生物质能源有良好的物质基础，土地资源丰富，自然地理环境适宜农牧业的发展，加之新疆政府的重视与政策的支持力度大，新疆生物质能产业已经开始蓬勃发展。本文首先对新疆农业生物质能资源量进行了估算、分析了2003-2012年的十年间三类生物资源蕴藏量的变化趋势，并选择2012年分析其地区分布特点。从新疆农业生物质资源丰富的蕴藏量中，可知新疆发展农业生物质能源的潜力巨大。但是新疆农业生物质能资源在区域分布上不均，且生物质能资源的蕴藏量与自然条件关联性比较大。其次，文中分别分析了秸秆、牲畜粪便及能源作物三大类生物质能资源的综合效益，包括经济效益、环境效益和社会效益三个方面。通过计算农业生物质能资源所替代的化石燃料的经济价值，来估算生物质能源的经济效益。从使用农业生物质能资源可替代的化石能源所能减少对大气的污染量来分析能源农业发展带来的环境效益。最后定性分析出由经济和环境所引发的社会效益。研究区域中，牲畜粪便的经济效益值和环境效益值最大，显示出在新疆沼气利用的可喜成绩。最后，指出新疆发展农业生物质能源存在的一些问题，并根据问题提出相应的对策建议。新疆政府在发展生物质能源产业时应当加大投资扶持力度，优化收储运模式，建立技术保障体系。在产业发展时应注意产业整体布局、因地制宜，要注重兼顾经济、环境和社会效益，使之综合效益最大化。