党的十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》,明确完善和发展中国特色社会主义制度,推进国家治理体系和治理能力现代化是我国全面深化改革的总目标。而区域治理作为国家治理体系的中间环节,这就意味着多方参与形成有效的区域治理是国家治理能力的一种重要标志。与此同时,随着我国经济社会的快速发展,环境污染和生态破坏日益严重,生态与环境问题已成为全面建成小康社会最大的短板,如何在实现经济社会稳定发展的同时,更好的进行生态治理也成为摆在各级政府面前的重要任务之一。从党的十七大到党的十八届四中全会,党中央国务院都将生态保护和发展放到重要的地位上,尤其是党的十八届五中全会,将绿色作为"五大发展理念"之一,加强生态文明建设也首度写入五年规划,这说明生态文明建设将成为我国地方政府当前乃至今后相当长的一段时间中工作的重点之一,生态治理被引入公众视野。虽然近年来,国家在跨区域生态治理当中开展多种有益尝试,积累了不少经验,但是依然存在不少问题。本文在研究国内外流域跨区域生态治理的相关案例基础上,分析我国地方政府在跨区域生态治理当中地方政府所面临的困境,同时以在生态治理过程中的生态补偿机制创新亮点——安徽省政府及黄山市政府实施的"新安江流域生态补偿机制试点工作"为研究重点,在借鉴国内其它生态补偿机制探索的基础上,以安徽新模式为核心,逐渐探索建立一种水流域治理的生态补偿新模式,期待能够有效的促进了我国地方政府在跨区域生态治理当中主观能动性的发挥,更好的实现跨区域不同层级政府间在生态治理过程中的良性发展。第1章:绪论。本文开篇以国家推进治理现代化和生态治理为背景,进而提出在国家治理现代化的新常态下研究跨区域生态治理的现实意义,随后简要介绍府际关系国内外学术研究的现状,阐述本文所采用的研究方法及可能的创新之处。第2章:概念界定及理论基础。围绕府际关系的提出以及近年来对府际关系的经典论著进行探索,对跨区域生态治理当中的府际关系进行了初步分析,简明扼要的介绍了理顺各层级地方政府在跨区域生态治理当中的关系具有重要意义。通过本章阐述,对跨区域生态治理中的府际关系的相关内容有了初步的掌握。第3章:地方政府在跨区域生态治理中的现状:案例分析。通过梳理我国近年来国家地方政府在跨区域生态治理中的探索,由此分析出我国地方政府在跨区域生态治理当中面临的一些困境,同时简要分析了我国浙江省"五水共治"以及国外田纳西河流域和泰晤士河流域在治理过程中的做法,从中获得地方政府如何处理好在跨区域生态治理当中府际关系的启示。第4章:地方政府在跨区域生态治理中的突破及长效机制的建立。通过前文的分析总结,结合新安江流域生态治理的实际案例分析,总结地方政府在跨区域生态治理当中的突破即安徽新模式的探索和建立,梳理归纳出在国家大力推进治理能力现代化和生态文明建设的背景下,地方政府如何在跨区域生态治理当中建立长效机制的相关对策,主要涉及到国家层面生态补偿机制平台的建立、生态补偿机制的法律法规政策的建立完善、中国特色的生态环境产权制度的建立完善以及生态补偿市场机制的建立完善等方面。